Первые же матчи розыгрыша Кубка России 2016–2017 годов оказались последними сразу для нескольких команд РФПЛ, встречавшихся на выезде в 1/16 финала с представителями первого дивизиона. В частности, лидер чемпионата «Спартак» проиграл клубу «СКА-Хабаровск» — 0:1, а действующий чемпион страны ЦСКА уступил красноярскому «Енисею» — 1:2. Завершил борьбу и серебряный призер предыдущего первенства «Ростов». Его оставило не у дел московское «Динамо», победившее с крупным счетом — 4:0.
