Кончина отца явилась для Николая II тяжёлым ударом. Вечером 20 октября в дневниковой записи со всей силой отразилась боль его души: «Боже мой, Боже мой, что за день! Господь отозвал к Себе нашего обожаемого, дорогого, горячо любимого Папà. Голова кругом идёт, верить не хочется - кажется до того неправдоподобной ужасная действительность». Потрясение Императора Николая Александровича было вызвано не только глубокой любовью к почившему отцу и преклонением перед его государевой мудростью, но и страхом перед той колоссальной ответственностью, которая так неожиданно легла на его плечи. Эта растерянность, проявленная Николаем II в первый день царствования, столь понятная и объяснимая, используется для «доказательств», что Государь был совершенно неопытен в государственных делах. Великая Княгиня Ольга Александровна полагала, что в этом заключалась большая ошибка ее отца.
Наследник Цесаревич Николай Александрович начал участвовать в работе высших государственных структур с двадцатилетнего возраста, став членом Государственного совета и Комитета министров, а в 1892 году он вошёл в состав Комитета финансов.
В дневниках Цесаревича мы неоднократно встречаем сведения о его активном участии в их работе: 20 февраля 1890 года: «В 1 час поехал в Комитет министров. Спорили по вопросу нефтепровода на Кавказе. Затянулось до 4 ч.». В 1894 году посещения Государственного совета и Комитета министров стали для Наследника постоянным явлением: 25 января: «Поехал на соединённое присутствие Сибирского и Департамента экономии; потом тоже самое с министрами»; 28 февраля: «В час поехал в Государственный Совет, где происходило обсуждение германского торгового договора»; 7 марта: «Едва поспел позавтракать перед Государственным советом. Там прошло дело о преобразовании министерства государственных имуществ в министерство земледелия».
10 декабря 1892 года был создан Комитет Сибирской железной дороги, который по указу Александра III возглавил Цесаревич. В Комитет входили крупнейшие государственные чиновники Империи. В день назначения Цесаревич записал в своём дневнике: «Это дело великой важности меня глубоко занимает, и я примусь со рвением к его исполнению!» С.Ю. Витте подтверждал: «Я должен сказать, что когда Наследник стал председателем Комитета, то уже через несколько заседаний было заметно, что он овладел положением председателя, что, впрочем, нисколько не удивительно, так как Император Николай II - человек, несомненно, очень быстрого ума и быстрых способностей».
Летом 1891 года на территории 29 губерний центральной части Российской империи разразилась жестокая засуха, приведшая к неурожаю в сельском хозяйстве и, как следствие, к недоеданию. По Высочайшему распоряжению был создан Особый Комитет для организации помощи голодающим под председательством Наследника Цесаревича Николая Александровича. Там он близко познакомился и тесно сотрудничал с ведущими государственными чиновниками. Некоторых из них, став Императором, он назначит на высокие государственные посты.
В последние месяцы своей болезни Александр III почти полностью передал сыну ведение дел. Таким образом, уровень подготовки Николая Александровича к моменту его вступления на престол был совсем не ничтожным. Когда в ноябре 1894 года министры пришли с первыми докладами к молодому Государю, то оказалось, что «он был в курсе всех существенных дел, кроме наиболее секретных вопросов внешней политики. Он задавал Витте вопросы, свидетельствующие о том, что в бытность Наследником, он ко всему присматривался».
