Metodický pokyn obsahuje závazné postupy a pravidla pro jednotlivé subjekty implementační struktury v oblasti finančního řízení Evropského fondu pro regionální rozvoj, Evropského sociálního fondu plus, Fondu soudržnosti, Fondu pro spravedlivou transformaci a Evropského námořního, rybářského a akvakulturního fondu a implementace příslušných operačních programů.