Иван Степанович Мазепа остался в истории абсолютным рекордсменом по пребыванию на посту гетмана Войска Запорожского. Он занимал эту должность двадцать один год подряд. В эпоху постоянных распрей за гетманскую булаву (в Украине этот аналог Смутного времени получил выразительное название Руина) такое политическое долголетие было уникальным. Несомненно, оно во многом было обеспечено большими заслугами Мазепы перед Россией, так как избрание гетмана в то время требовало согласия русского монарха.
Мазепа был избран гетманом на Коломакской раде в июле 1687 года. Само его выдвижение было обусловлено его заслугами перед Москвой. Весной того года русские войска под командованием князя Василия Голицына собрались в поход на Крым, и Войско Запорожское сопровождало их. Голицын оказался недоволен действия гетмана Ивана Самойловича. На Самойловича был направлен коллективный донос в Москву, среди подписантов которого был и Мазепа. Гетман был смещён и на его место выбрали Мазепу. Как считал историк Николай Костомаров, избрание Мазепы было осуществлено по прямому приказанию Голицына, который считал Мазепу своим верным человеком.
Уже в 1689 году Мазепа в качестве украинского гетмана участвовал во втором Крымском походе русской армии. А в том же году в Москве произошли события, приведшие к свержению правительницы Софьи и её любимца Голицына и к возвышению Петра I. Тем не менее, заслуги Мазепы перед русским правительством были почтены должным образом. Мазепа даже сумел выхлопотать возвращение ему взятки, которую Голицын якобы вымогательством получил у него за избрание гетманом (скорее всего, Мазепа дал ему её добровольно).
Украинские казаки под главенством Мазепы участвовали во всех войнах «начала славных дел» Петра Великого. В Азовские походы 1695 и 1696 гг. Мазепа лично водил своих казаков. По своём возвращении из-за границы 8 февраля 1700 года Пётр I наградил Мазепу только что учреждённым орденом Апостола Андрея Первозванного. Мазепа стал вторым в истории кавалером этого высшего российского ордена. Царь лично вручил его Мазепе. В указе о награждении отмечалось, что гетман награждается «за многие в воинских трудах знатные и усердно-радетельные верные службы».
Мазепа послушно выделял казачьи контингенты по требованию Петра в походы начавшейся Северной войны. Так, в январе 1702 года он направил казаков под Псков на участие в завоевании Прибалтики. Правда, дисциплина этих войск оставляла желать лучшего. В 1705 году Мазепа по распоряжению Петра двинул казаков на Волынь в помощь польскому королю Августу – союзнику в борьбе против шведов. Направлял Мазепа казаков и на различные петровские «стройки века» – строительство Петербурга и крепостей в Прибалтике, хотя это и вызывало большое недовольство запорожцев, считавших копание в земле непозволительным поношением своей «лыцарской» чести.
Мазепа, став богатейшим в истории малороссийским гетманом (благодаря царским пожалованиям он был владельцем примерно 100 тысяч крепостных душ), прославился как щедрый меценат православной церкви на Украине. Считается, что Мазепа потратил на строительство и ремонт храмов и монастырей, на дары церкви в общей сложности около десяти годовых бюджетов гетманства Украинского (в течение 21 года). За личный счёт Мазепы было построено 26 новых храмов, монастырей и колоколен. Среди них самые знаменитые – Николаевский собор и колокольня Софийского собора в Киеве, Всехсвятская церковь Киево-Печерской лавры, Вознесенский собор в Переяславе и другие.
В 1694 году на средства Мазепы был выстроен новый корпус Киево-Могилянской коллегии (её в своё время окончил сам Мазепа), которая в том же году получает статус «академии». В новом корпусе студентам преподавали древние языки, науки «тривиума» (грамматику, риторику, диалектику) и «квадривиума» (арифметику, геометрию, музыку, астрономию) философию и богословие. В 1700 году в Чернигове, где стараниями и пожертвованиями Мазепы были отреставрированы древние соборы, была открыта учебная коллегия при Борисоглебском монастыре. Мазепа планировал и её в будущем преобразовать в «академию» (то есть университет), а также открыть подобное высшее учебное заведение в Переяславе, но эти планам помешали известные политические события.
Мазепа покровительствовал и выделял деньги на творчество украинских писателей своего времени, среди которых Стефан Яворский, известный сподвижник Петра Великого. Во множестве храмов и монастырей Украины, построенных или восстановленных щедротами гетмана, красовался герб Мазепы, который с 1708 года повсеместно сбили и закрасили (во многих местах восстановлен с 1990-х гг.). Меценатская деятельность Мазепы была направлена исключительно на Украину, хотя богатые вклады и пожертвования он делал также в храмы и монастыри Константинополя, Иерусалима и святой горы Афона.
Особенно отличился Мазепа перед московским правительством, подавляя стремление своих соотечественников к свободе. В 1692 году на Запорожье вспыхнуло восстание под предводительством войскового писаря Петра Иваненко (Петрика). Восставшие ставили своей целью завоевание независимости и объединение всей Украины, находившейся как под российской, так и под польской властью. Мазепа жестоко подавил это выступление силами своих казаков, без вмешательства российских войск. Петрик скрылся, но в 1696 году (по утверждению Костомарова) был разыскан казаками Мазепы и убит.
В 1699 году на Правобережной Украине началось восстание под руководством казачьего полковника Семёна Палия против польского владычества. Вскоре началась Северная война, и казаки Мазепы вступили на правый берег под предлогом помощи польскому королю против шведов. Мазепа, сам желавший стать гетманом на обоих берегах Днепра, сначала обманул бдительность популярного в народе Палия, вступив с ним в союз. А в 1704 году Мазепа написал на Палия донос Петру I и арестовал полковника. По приказу царя украинский народный герой был сослан в Тобольск и освобождён только после измены оговорившего его Мазепы.
Неудивительно, что при таких заслугах Мазепы перед Москвой Пётр I не верил доносам о его сношениях с врагом, считая их клеветой, пока не оказался уже перед свершившимся фактом измены.
