Может ли работодатель не выплатить компенсацию при сокращении из-за реорганизации предприятия?

Нет, это будет незаконно. Согласно ст. 58 ГК РФ, все выплаты обязано будет произвести реорганизованное юридическое лицо без каких-либо ограничений, так как при присоединении юридического лица к другому юридическому лицу к последнему переходят права и обязанности присоединенного юридического лица.