Конец 80-х годов стал первым этапом в восстановлении обители, бывшей когда-то столпом православной веры на севере России. По инициативе митрополита Ленинградского и Новгородского Алексия, 18 сентября 1989 года Совет министров Карелии решил "передать в пользование" Ленинградской епархии Спасо-Преображенский собор с внутренним каре и расположенные рядом скиты, кроме Воскpесенского и Гефсиманского. Наместником обители был определен архимандрит Виктор (Пьянков), впоследствии епископ Подольский.
Первые шесть насельников – иеромонахи Варсонофий, Геронтий, Фотий, иеродиакон Серафим, послушники Леонид и Вадим (ныне иеросхимонах Варахиил) – прибыли на остров в ночь на 14 декабря 1989 года и разместились в бывшем изоляторе дома инвалидов ("Морской дом").
С приездом монахов постепенно затеплилась духовная жизнь на острове. Возобновились службы в нижнем храме во имя преподобных Сергия и Германа. Одновременно начались монастырские реставрационные работы. 25 мая 1990 года, на Вознесение Господне, митрополит Ленинградский и Новгородский Алексий освятил главный престол нижнего собора. Новое важное для обители решение о возвращении обители всех храмовых и административно-хозяйственных зданий было принято Верховным Советом Карелии в 1990-1991 годах.
С 1990 года Валаамский монастырь получил статус ставропигиального, то есть перешел в непосредственное ведение священноигумена, Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II. Несмотря на свою занятость, Святейший Патриарх почти ежегодно отмечал день памяти преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев, торжественным богослужением в Спасо-Преображенском соборе. Во время посещения обители Его Святейшество подробно знакомился с жизнью братии как в монастыре, так и в скитах, беседовал с братией.
С января 1993 г. обитель возглавляет игумен Спасо-Преображенского Валаамского монастыря архимандрит Панкратий (Жердев), ранее состоявший в братии Свято-Троицкой Сергиевой Лавры на послушании эконома. Братия за это время значительно возросла, теперь она составляет около 150 человек. Возрождаются традиции Валаамского трудового монашества: строительство и реставрация, флот, сельское хозяйство, автохозяйство, камнерезное, кузнечное и свечное производства, издание духовной и церковно-исторической литературы.
В мае 1991 года братия обители обрели великое духовное сокровище – нетленные благоухающие мощи валаамского подвижника благочестия иеросхимонаха Антипы. Отец Антипа родился в Молдавии в селе Калоподешта, подвизался на Святой Горе Афон, был одним из основателей румынского скита Продромос. В 1992 году Священный Синод Румынской Православной Церкви причислил преподобного Антипу Калаподештского к лику святых Румынской Православной Церкви. По благословению Его Святейшества Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в 2000 году имя преподобного Антипы Валаамского было внесено в святцы русской Православной Церкви (память 10/23 января). Отныне Валаамская обитель получила еще одного молитвенника у Престола Божия. Мощи преподобного Антипы Валаамского помещены в раку, которая установлена в нижней церкви во имя преподобных Сергия и Германа, Валаамских чудотворцев. Братия и паломники обращаются к преподобному старцу с просьбой о молитвенном предстательстве и получают по своей вере помощь и исцеления от болезней.
В 1996 году престольный праздник монастыря – день памяти преподобных Сергия и Германа был отмечен особыми торжествами. Обитель посетили Патриарх Алексий II и впервые в истории Валаама – глава Поместной Православной Церкви, митрополит всея Америки и Канады Феодосий, который передал монастырю бесценный дар – частицу мощей преподобного Германа Аляскинского, а Святейший Патриарх – большую икону святого.17 июля 2002 года в Валаамском монастыре состоялось духовное торжество – встреча игумена афонского монастыря Ватопед архимандрита Ефрема с братией и паломниками. Архимандрит Ефрем привез в дар обители храмовый образ, список с чудотворной иконы "Пантанасса" ("Всецарица"), который был специально написан для монастыря и освящен на Святой Горе Афон. Архимандрит Ефрем также принес в дар Валаамской обители мощи почитаемого Афонского подвижника благочестия старца Иосифа Исихаста.
В силу сложившихся исторических обстоятельств почти все сохранившиеся после неоднократных разорений Валаамской обители святыни и реликвии оказались вне Валаама или были безвозвратно утрачены в послевоенное время. Поэтому огромное значение для возрождающейся обители имело обретение древней святыни – креста-мощевика с частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона, который был выкуплен из частной коллекции и передан в дар Валаамскому монастырю благотворителем. 22 апреля 2004 года на Московском подворье состоялась торжественная передача уникального креста-мощевика. Древний крест с вложенной в него крупной частицей мощей великомученика и целителя Пантелеимона – родовая святыня бояр Нащокиных.
По благословению Его Святейшества (4 июля 1999 г.) было установлено Празднование Собора Валаамских святых, на второй день после Преображения, престольного праздника обители. Одно из значительных для обители событий произошло летом 2000 года, когда на юбилейном Архиерейском Соборе Русской Православной Церкви были прославлены 34 преподобномученика XVI в., новомученики и исповедники XX века: святитель Феофан Соликамский (Ильменский), преподобномученики Арефа (Митренин) и Иеремия (Леонов). 27 декабря 2000 года на заседании Священного Синода Русской Православной Церкви было принято решение включить в Собор новомучеников и исповедников Российских ХХ века от Спасо-Преображенского Валаамского монастыря имена иеромонахов Патрикия (Петрова) и Сергия (Гальковского), иеродиакона Андроника (Барсукова), монаха Тавриона (Толоконцева). 11 мая на заседании Синодальной комиссии по канонизации святых было принято решение о включении имени преподобного Назария (Кондратьева), местночтимого святого Тамбовской епархии в Собор Валаамских святых. В октябре 2004 года по благословению Святейшего Патриарха в Собор Валаамских святых были включены имена новомученика и исповедника Афанасия (Егорова), преподобномученика Иувеналия (Говорухина), канонизированного Американской Православной Церковью и преподобного старца Илии (Чеботарева), канонизированного 29 декабря 2003 году в Екатеринбургской епархии.
В 2002 году Святейшим Патриархом была освящена первая в России церковь, посвященная Валаамской иконе Божией Матери, устроенная после усердных молитв всего братства в помещении некогда упраздненного Никольского храма во внутреннем каре монастыря, где в 1897 году и была обретена чудотворная икона. В 1997 году, через сто лет, в связи с неизменным почитанием верующими этого образа, Его Святейшество установил совершать празднование иконы Божией Матери "Валаамская" 14 июля. Сейчас Валаамский образ Божией Матери является одной из главных святынь Спасо-Преображенского Валаамского монастыря. Перед иконой служатся молебны, происходят исцеления.
Новым этапом в истории возрожденной обители стало создание Попечительского совета по восстановлению Спасо-Преображенского Валаамского монастыря, которое возглавил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II. В 2005 году были завершены реставрационные работы по восстановлению живописи собора на площади свыше 5 тысяч м². Освящение главной святыни монастыря было совершено Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II 19 августа 2005 года, в день Преображения Господня – престольный праздник обители.
В начале XX века при Валаамском монастыре существовало 13 скитов. В настоящее время восстановлено одиннадцать.По традиции валаамская обитель имеет подворья в Санкт-Петербурге: одно – с церковью во имя Казанской иконы Божией Матери и приделами во имя свят. Николая и преп. Серафима Саровского, часовней святых новомучеников Российских (до революции – подворье Стаpо-Ладожского Успенского женского монастыря, 1904-09 гг., арх. Вас. А. Косяков), другое – историческое, у бывшей пристани на Синопской набережной. В Москве историческое подворье на ул. Тверской-Ямской. Есть и новые подворья – в Приозерске с церковью во имя Всех святых (1890-94, арх. И.Я. Аренберг), в Сортавале с деревянной церковью во имя святителя Николая Чудотворца, на Кавказе.
Вековые монашеские традиции Валаама, как других российских обителей, были прерваны в годы богоборческих гонений. Сейчас вся братия, включая и трудников, живет в капитально отремонтированном Братском корпусе внешнего каре (на отгороженной территории монастыря) и занимает помещения внутреннего каре. Братия призываются не только к внешнему деланию, т.е. неопустительному присутствию на богослужении, трудам послушания, келейному правилу, но и к внутреннему, духовному, составляющему сущность монашеского подвига, постоянному упражнению в Иисусовой молитве, борьбе со страстями, к откровению помыслов, частой исповеди и причащению Святых Христовых Таин.
Как провидчески сказал о Валааме в 1936 г. замечательный русский писатель И.С. Шмелев, "придет время, и расцветут подросшие цветы духовные: "Господний посев не истребится". Святитель Игнатий (Брянчанинов) писал: "Валаам, на котором вы видите гранитные уступы и высокие горы, сделается для вас той духовной высотой, с которой удобен переход в обитель рая". Ныне на Валаам ежегодно прибывают тысячи людей, в последние годы – все больше богомольцев, стремящихся прикоснуться к живоносному источнику православной веры.
