Затем Наталья Ивановна была назначена на должность следователя следственного отделения. Была заместитель начальника отдела внутренних дел Кувандыка и Кувандыкского района. В 2011 году назначена на должность заместителя начальника УМВД России по Оренбургской области. Уже через год согласно указу президента ее перевели на должность заместителя начальника Главного управления МВД России по Центральному федеральному округу. Лайф сообщает, что Агафьева идет на повышение. Главный следователь столицы должна стать заместителем главы Следственного департамента МВД России. Наталью Ивановну знают как принципиального руководителя. По данным Интернет-издания, ее переводят в СД, чтобы навести там порядок.
