В настоящее время примерно 110 машин данной серии приписаны к эксплуатационному локомотивному депо Комсомольск на Дальнем Востоке.
На локомотив 3ТЭ25К2М узлы, комплектующие поставлялись из разных стран. Это, например, дизель GEVO и электрическая щетка французской Mersen, используемая на тяговых электродвигателях.
По данным на май этого года, примерно на 20% комплектующих была подобрана замена, согласованная с заводом-производителем. Работа в данном направлении продолжается.
За счет тепловозов 3ТЭ25К2М стало возможным увеличить вес поезда и, соответственно, вывоз экспортных грузов через порт Ванино в условиях лимитирующей инфраструктуры.
