Vidaus reikalų ministerija, susipažinusi su „Amnesty International“ ataskaita, pažymi, kad, nepaisant atviro bendradarbiavimo teikiant informaciją rengiamai ataskaitai, joje tendencingai atspindėti tik vienos pusės nuomonė ir liudijimai. Ministrės Agnės Bilotaitės teigimu, nuo pat neteisėtos migracijos krizės pradžios, Lietuvos institucijos nuolatos glaudžiai bendradarbiauja su visomis žmogaus teisių gynimo institucijomis ir organizacijomis, laikosi atviro dialogo principo ir teisės viršenybės.