قرارگاه خاتم، علاوه بر منابع انسانی و مالی، از قدرت فراوانی برخوردار است. احمد توکلی در این مورد در یادداشتی نوشت «بخش خصوصی هیچگاه نمیتواند خود را به قرارگاه خاتم برساند. علت این است که این مسابقه از یک نقطه برابر شروع نشده است. قرارگاه با استفاده از تمرکز امکانات لجستیک انباشتشده در سپاه (به دلیل شرایط جنگ) فرسنگها جلوتر میدود و هرچه میگذرد فاصله بیشتری از بخش خصوصی میگیرد؛ ضمن اینکه قرارگاه خاتم از امتیازات ویژهای نظیر معافیت مالیاتی برخوردار است که فعالیتهای اقتصادی آن را تسهیل میکند. دیگر از نفوذ قرارگاه در دستگاههای دولتی و ستاد اقتصادی دولت که باعث میشود موانع قانونی پیش پا برداشته شود یا پروژهها کانالیزه شود، بگذریم. شاید مهمتر از همه اینکه قرارگاه خاتم مانند دیگر فعالان اقتصادی از مزاحمت دستگاههای نظارتی رنج نمیکشد. طبق قانون دیوان محاسبات، سازمان بازرسی کل کشور و دیگر دستگاههای نظارتی (حتی سازمان اطلاعات سپاه) حق ورود و سرکشی به فعالیتهای قرارگاه ندارند! تنها مرجع نظارت بر قرارگاه خاتم، سازمان حفاظت سپاه است که حتی اگر بخواهد، اساسا برای نظارت در حوزه اقتصادی ساخته نشده و حتی نمیتواند یک حسابرسی یا ردیابی مالی از عملکرد قرارگاه داشته باشد! در چنین محیطی وقوع فساد چندان دور از انتظار نیست».
