Скит Патриарха Никона Необычное по конструкции четырехэтажное церковное здание с куполом было построено в 1650-1662 годах в трехстах метрах к северо-западу от стен монастыря у реки Истры. Два последних яруса получили изразцовый декор, характерный для зданий всего монастырского комплекса. Первоначально здание было окружено рвом, который заполнялся водой, и находилось на искусственном острове. В нем была освящена церковь Богоявления, где молился Патриарх Никон в Великий пост.