Malmö FF:s dröm om Champions League släcktes i praktiken redan hemma i Skåne.
Sparta Prag vann även returmötet med 2–0 och avancerar vidare till klubblagsfotbollens finrum med 4–0 sammanlagt.
Malmö får trösta sig med spel i Europa League.
– Det är en stor besvikelse, säger anfallaren Isaac Kiese Thelin.