Printsess Peach on röövitud, taaskord…Kuid sel korral pole pahalaseks kuri Bowser. Või noh, ta pole põhipahalane. „Paper Mario: The Thousand-Year Door“ nimelises mängus tuleb Mariol silmitsi seista hoopis X-Nautide hautud kurja plaaniga vallutada maailm. Peachi päästmiseks peab ta rändama läbi Seenekuningriigi ja võitlema mitmete suuremate ja väiksemate vastastega.
