Luego que La República diera a conocer que Juan José Santiváñez habría sido nombrado ministro del Interior como recompensa por su apoyo encubierto en la investigación contra Nicanor Boluarte, todo apunta a que Santiváñez, con la complicidad de la presidenta, habría interferido en procesos judiciales y coordinado estrategias para proteger a los implicados en el caso "Los Waykis en la Sombra", llegando incluso a ocultar a un prófugo de la justicia.
Según un testigo protegido del caso, Juan José Santiváñez habría actuado bajo las órdenes de la presidenta Dina Boluarte para ocultar a Jorge Ortiz Marreros, exdirector de Orden Interno del Mininter y principal cómplice, cuando era prófugo de la justicia para evitar que este se acogiera a la colaboración eficaz y revelara información que pudiera comprometer a Nicanor Boluarte, hermano de la mandataria.
El fiscal del Equipo Especial de Fiscales contra la Corrupción en el Poder (Eficcop), Carlos Ordaya, reportó la siguiente información al Fiscal de la Nación: “En circunstancias que Ortíz Marreros se encontraba prófugo de la justicia, Santiváñez le prometió que se adicionaría (sumaría) a su defensa técnica y (asumiría) los demás costos y gestiones que deriven de la investigación en su contra. Además, que por encargo de la presidenta Dina Boluarte, le darían todo su apoyo, pero con la condición de no delatar a Nicanor Boluarte, propuesta que Ortíz Marreros aceptó, según el testigo protegido”.
En la misma línea, otro testigo protegido corroboró la historia: "Después de que el viceministro Juan Santiváñez se enteró de la detención de Nicanor Boluarte el 10 de mayo, se puso en contacto con el abogado Luis Vivanco Gotelli y le solicitó que acudiera al Ministerio del Interior para reunirse y coordinar específicamente la defensa legal de Nicanor Boluarte".
No obstante, Luis Vivanco no era aún abogado de Nicanor Boluarte sino hasta el día siguiente, 11 de mayo. A pesar de que tanto Santiváñez como Vivanco negaron en su momento haber tenido coordinaciones relacionadas con el caso “Los Waykis en la Sombra”, según información que maneja la Eficcop, se habrían registrado diversos encuentros en las oficinas del Ministerio del Interior.
El ministro del Interior, Juan José Santiváñez, presuntamente pidió a Jorge Ortiz Marreros, uno de los investigados en el caso Los Waykis en la Sombra, que eliminara un celular con información incriminatoria sobre Nicanor Boluarte. Esta revelación fue hecha por un testigo protegido ante la Fiscalía, quien detalló que Ortiz Marreros extrajo la tarjeta SIM y ocultó el celular para continuar comunicándose con Santiváñez.
De acuerdo con un acta fiscal, Santiváñez, en su rol de viceministro de Orden Interno, actuó bajo órdenes de la presidenta Dina Boluarte para evitar que Ortiz Marreros fuera capturado por la policía. Esto buscaba prevenir que el investigado solicitara la colaboración eficaz y proporcionara información comprometedora contra Nicanor Boluarte.
El documento señala que Santiváñez se encargó de la defensa técnica de Ortiz Marreros, con el fin de proteger la organización involucrada y evitar que se revelara información sobre su participación en el caso. Posteriormente, Ortiz Marreros se entregó a las autoridades.
