Aunque hoy su unión es una posibilidad casi nula, en algún momento el Perú y Bolivia formaron un solo país y, pese a que no perduró por las tensiones de la época y por intereses extranjeros, al ser considerada una amenaza geopolítica, el territorio logró concretar importantes tratados de libre comercio con las potencias económicas de la época y con una extensión de 2 millones de kilómetros cuadrados, abarcó un área más grande que el de Francia, España, Italia, Alemania y Reino Unido juntos.
Apenas un par de años luego de que América Latina obtenga su independencia, en 1830, diversas partes de la región intentaron cumplir el sueño de Simón Bolívar, aunque fracasaron en el intento. La Gran Colombia ya se había disuelto en lo que hoy conocemos como Colombia, Panamá, Venezuela y Ecuador; mientras El Salvador, Nicaragua y Costa Rica se habían unido en la República Federal de Centroamérica, que terminó por disolverse luego de luchas internas.
De la misma manera, la idea de unir territorios se sentó en algunos líderes de la época de Perú y Bolivia. Ambos países compartían historia y cultura, apenas años atrás Bolivia había pertenecido al Virreinato del Perú.
Según señaló la historiadora María Luisa Soux para BBC, no existía frontera alguna, incluso a los dos lados del Lago Titicaca las familias eran las mismas.
Sin embargo, además de los lazos parentales, las naciones compartían la profunda crisis que dejó la larga guerra de independencia, que terminó aplastando sus economías. Mientras en el Perú se vivía un estado de anarquía donde distintos militares se disputaban el poder, con una fuerte división entre Lima y el norte del país con la zona sur (Cusco, Arequipa y Pun), en Bolivia pasaba por un momento menos tenso, con un presidente con raíces peruanas, Andrés de Santa Cruz, quien promulgó los Códigos Civil, Penal, de Minería y de Comercio en el país altiplánico.
Este político y militar de padre peruano había asumido interinamente en gobierno de Perú en 1826, luego de que Bolívar abandone el país y fue quien tuvo la idea de unir ambos territorios. La oportunidad se presentó cuando el entonces presidente peruano, José Luis de Orbegozo le pidió ayuda para frenar la división que enfrentaba el país, ocasionada por los militares al mando de Felipe Salaverry, que controlaban Lima. El ejército boliviano arribó al Perú en 1835.
En octubre de 1836, Santa Cruz firmó el decreto que creaba oficialmente la Confederación, bajo la forma de tres estados: el norte del Perú, el sur del Perú y Bolivia.
Aunque la nueva nación beneficiaba a Bolivia, que tenía una mejor salida al mar del Pacífico, y al sur peruano, que contaba con acceso a la mina de Potosí y fortalecía su presencia, las ventajas para Lima eran mínimas. El 1 de mayo de 1837 se creó el documento de 45 páginas que sería la ley fundamental en el nuevo país.
El Estado era republicano, con un Poder Ejecutivo, Legislativo y Judicial, con igualdad de derechos y facultad para elegir a los presidentes de cada uno de los estados, aunque el poder principal lo tenía Santa Cruz, quien era el presidente de toda la Confederación.
Si bien apenas duró tres años, algunos historiadores la definen como un proyecto liberal, debido a sus negociaciones de tratados de libre comercio con Estados Unidos e Inglaterra. Asimismo, se modernizaron puertos y se eliminaron los impuestos.
La figura de Santa Cruz causó recelo, al ser vista por los peruanos como muy boliviano y para los bolivianos muy peruano. Además, los tratados de libre comercio con las potencias mundiales la hicieron ver como una amenaza geopolítica y territorial para Chile, que en diciembre de 1836 le declaró la guerra. A los pocos meses se sumó Argentina y, pese a que Santa Cruz movilizó un ejército contra las tropas chilenas y argentinas, fue derrotado en la batalla de Yungay el 20 de enero de 1839 y el sueño se terminó.
El 25 de agosto del mismo año, Agustín Gamarra tomó el control del Perú y oficializó el final de la Confederación Perú-Boliviana, que para muchos historiadores sirvió también para delimitar los territorios de cada uno de los países.