استقلال بهمعنای حفظ هویت ذاتی حوزه است، منهای هر گونه حاشیه نسبت به حکومت و دیگران. یعنی حوزه هر حرفی را حق میداند، بدون ملاحظه اینکه حکومت و مقامات آن خوششان بیاید یا نه، بزند و این منافاتی ندارد که علاوه بر اینکه حرف خودش را میزند، در مواردی با حاکمیت هم همکاری کند.