با اوج گرفتن تحركات بهائیان، مبارزه با این فرقه در دستور كار روحانیت قرار گرفته و حوزههای علمیه و روحانیون در صف اول مبارزه با بهائیان قرار گرفتند. از این بین مبارزات آیتالله بروجردی در قالب مرجعیت شیعه از اهمیت بالایی برخوردار بود. آیتالله بروجردی همواره نسبت به همدستی رژیم منحوس پهلوی با بهائیت اظهار تاسف كرده و هشدار میداد و در شرایط حساس اقدام به صدور فتوا علیه این فرقه ضاله میكرد.