حکم رئیس‌جمهوری برای محمدجواد ظریف، یک روی دیگری هم داشت. رئیس‌جمهور، ظریف را همزمان که به عنوان معاون راهبردی منصوب کرد، ریاست مرکز بررسی‌های استراتژیک ریاست‌جمهوری را هم به ظریف سپرد. در واقع شأنیت یک مرکز تحقیقاتی را به معاونت ریاست‌جمهوری ارتقا داد.
محمدجواد ظریف، معاون راهبردی و رئیس مرکز بررسی‌های استراتژیک رئیس‌جمهوری شد. او با حکم دکتر مسعود پزشکیان به این سمت منصوب شد. پیش از این ظریف اعلام کرده بود که در دولت آتی به دنبال پست و مقام نیست اما در جلسه‌ای که با برخی از روزنامه‌نگاران داشت، آنها از وی خواستند از این خواسته عقب‌نشینی کند زیرا حضور او در کنار دکتر پزشکیان و کابینه آتی بسیار راهگشا خواهد بود و پزشکیان در بسیاری از امور به وی احتیاج خواهد داشت.
محمدجواد ظریف، پیش از این رئیس شورای راهبری بود و به ابتکار او این شورا تشکیل شد تا افرادی که شایسته وزارت هستند، با مشورت نخبگان به رئیس‌جمهوری معرفی شوند. در جریان رقابت‌های انتخاباتی نیز ظریف یکی از مهم‌ترین عناصر پیروزی پزشکیان بود. او که خود در معرض کاندیداتوری در انتخابات قرار داشت، اعلام کرد نامزد انتخابات ریاست‌جمهوری نخواهد شد و زمانی که پزشکیان نامزد شد با وی دیدار و اعلام کرد از او حمایت خواهد کرد. پس از تایید صلاحیت پزشکیان نیز ظریف با تمام توان به حمایت از پزشکیان پرداخت و شهر به شهر برای حمایت از او سفر کرد و به تبلیغات وی پرداخت.
