نام شمخانی در موضوع شکست مذاکرات برای احیای برجام در دولت سیزدهم نیز به چشم میخورد؛ اینگونه نقل است که در بهار سال ۱۴۰۱ و درحالی‌که توافق حتمی و حسین امیرعبداللهیان برای امضای آن آماده سفر به وین می‌‌شد، به ناگاه سفر لغو می‌‌شود چراکه در آخرین تصمیمی که در شورای عالی امنیت ملی و در نتیجه اتحاد نانوشته شمخانی و دشمن شماره یک برجام یعنی سعید جلیلی رقم میخورد.
فاطمه کلانتری: حسن روحانی، اولین و باسابقه‌ترین دبیر شورای عالی امنیت ملی با تصدی نزدیک به ۱۶ ساله این جایگاه، در مهرماه ۱۴۰۰ و به مناسبت سالگرد تاسیس این نهاد در حساب ایکس خود نوشت: «۲۰ مهر ۳۲ سال پیش، شورایعالی امنیت ملی تاسیس شد. سیاست بی‌طرفی فعال در حمله ائتلاف به عراق در سال ۶۹ و خارج کردن ایران از ذیل فصل ۷ منشور سازمان ملل در ۹۴ از تصمیمات سرنوشت‌ساز این نهاد است هوشیاری نسبت به تحولات منطقه/جهان و تدبیر شجاعانه برای صلح و امنیت ملی لازمه پیشرفت کشور است».
براساس اصل یکصدوهفتادو‌ششم قانون اساسی، شورای عالی امنیت ملی به منظور تأمین منافع ملی و پاسداری از انقلاب اسلامی و تمامیت ارضی و حاکمیت ملی، به ریاست رئیس‌جمهور، با وظایف تعیین سیاست‌های دفاعی - امنیتی کشور در محدوده سیاست‌های کلی تعیین شده از طرف مقام رهبری، هماهنگ نمودن فعالیت‌‌های سیاسی، اطلاعاتی، اجتماعی، فرهنگی و اقتصادی در ارتباط با تدابیر کلی دفاعی - امنیتی و بهره‌گیری از امکانات مادی و معنوی کشور برای مقابله با تهدیدهای داخلی و خارجی تشکیل شد. اعضای این شورا را رؤسای قوای سه گانه، رئیس ستاد فرماندهی کل نیروهای مسلح، مسئول امور برنامه و بودجه، دو نماینده به انتخاب مقام رهبری، وزرای امور خارجه، کشور، اطلاعات و حسب مورد وزیر مربوط و عالی‌ترین مقام ارتش و سپاه تشکیل می‌دهند. این اصل در سال ۱۳۶۸و در اصلاحاتی که نسبت به قانون اساسی صورت گرفته، به این قانون الحاق شده است.
