Na plzeňské lavičce měl premiéru před čtyřiadvaceti lety a tehdy s týmem sestoupil do druhé ligy. Při svém druhém angažmá v srpnu 2014, kdy po třech kolech nahradil Dušana Uhrina mladšího, slavil s Viktorií zisk mistrovského titulu. Ten byl první v jeho trenérské kariéře a dodnes mu to připomíná tetování na pravé paži. Miroslav Koubek se na západ Čech vrátil do třetice před minulou sezonou, v níž prožil spanilou jízdu Konferenční ligou.
