در سال ۱۳۶۶، توسط محمد محمدیریشهری به وزارت اطلاعات رفت و بهعنوان معاون در این وزارتخانه مشغول به کار بود؛ جایگاهی که ۱۲ سال در اختیارش بود. البته در همین مدت دو حکم دیگر در وزارت اطلاعات دریافت کرد. از سال ۱۳۶۹ تا ۱۳۷۸ رئیس اطلاعات خارجی این وزارتخانه بود و در اولین دولت سیدمحمد خاتمی، از سال ۱۳۷۶ تا ۱۳۷۸ بهعنوان قائممقام وزیر اطلاعات فعالیت کرد.