В начале двадцать первого века она была законсервирована и находилась в ведении города.
Вместе с церковью православные получат и здание анатомического театра. Он соединён с часовней. Обращение о передачи церкви и морга поступило в комитет имущественных отношений ещё летом. Его направила администрация Кронштадтского района. Как отмечает издание «Фонтанка Ру», чиновники хотели переделать театр в хостел или Многофункциональный центр, но они учли специфическое прошлое здания и решили передать его церкви. Процесс запланирован на следующий год. В данный момент приход, которому и отдадут около пятисот квадратных метров, собирает полный пакет документов. Сейчас верующие уже занимает часовню и анатомический театр. Предполагается, что церковь и морг передадут в безвозмездное пользование РПЦ на 49 лет.
Церковь Николая Чудотворца при военно-морском госпитале была построена в начале двадцатого века. В ней отпевали умерших в лазарете. Минобороны передала здания в казну Петербурга как утратившие военное значение в 2001-м. Спустя девять лет церковь отреставрировали, и в ней стали проводить службы.
