В правление Андрея Боголюбского Владимиро-Суздальское княжество достигло значительного могущества и было сильнейшим на Руси, а впоследствии оно стало ядром современного Российского государства. Поражение войск при попытке захватить Киев и Вышгород в 1173 году усилило конфликт Боголюбского с видными боярами (недовольство которых проявлялось ещё во время неудачного похода против волжских булгар в 1171 году) и привело к заговору приближённых против князя, в результате которого он был зарезан своими боярами в ночь с 28 на 29 июня 1174 г.
Предание гласит, что заговорщики (бояре Кучковичи, которые были родственниками Боголюбского и издревле владели землями в Москве) сначала спустились в винные погреба, там употребили спиртного, потом подошли к спальне князя. Один из них постучал. «Кто там?» — спросил Андрей. «Прокопий!» — отвечал стучавший (назвав имя одного из любимых князевых слуг). «Нет, это не Прокопий!» — сказал Андрей, хорошо знавший голос своего слуги. Дверь он не отпер и бросился к мечу, но меч святого Бориса, постоянно висевший над княжеской постелью, был предварительно похищен ключником Анбалом. Выломав дверь, заговорщики бросились на князя. Сильный Боголюбский долго сопротивлялся. Наконец, израненный и окровавленный, он упал под ударами убийц. Злодеи подумали, что он мёртв, и ушли — опять спустились в винные погреба. Князь очнулся и попытался скрыться. Его отыскали по кровавому следу. Увидев убийц, Андрей произнёс: «Если, Боже, в этом мне суждён конец — принимаю его я». Убийцы довершили своё дело.
Тело князя лежало на улице, пока люд грабил княжеские хоромы. По легенде, хоронить князя остался лишь его придворный, киевлянин Кузьмище Киянин. Игумену Феодулу (настоятелю Владимирского собора и предположительно наместнику епископа Ростовского) с клириками Успенского собора Владимира было поручено перенести тело князя из Боголюбова во Владимир и отпеть погибшего в соборе. Другие представители высшего духовенства, видимо, не присутствовали на службе, по предположению И. Я. Фроянова, из-за недовольства князем, сочувствуя заговору.
Андрей Боголюбский был прославлен РПЦ в 1702 году, когда его мощи были обретены и положены в серебряную раку (сооружённую на вклад патриарха Иосифа) во Владимирском Успенском соборе, почитание установлено было в день памяти чтимого на Руси святителя Андрея Критского — 4 июля по юлианскому календарю. В этот же день в 1764 году при загадочных обстоятельствах был убит император Иоанн Антонович, а в 1918 году в этот же день в Екатеринбурге большевики расправились с царем Николаем II, его семьёй и служителями.
Рака с мощами князя была вскрыта в феврале 1919 года комиссией по осмотру Успенского собора. После врачебного исследования останки были оставлены открытыми для посетителей. В середине 1930-х годов из «антирелигиозного отдела» Владимирского исторического музея (открылся в Георгиевском приделе собора) останки были переданы в Институт истории феодального общества ГАИМК (Ленинград). Там они были подвергнуты анализу рентгено-антропологической лабораторией Государственного рентгенологического института (Ленинград), в частности, профессором Д. Г. Рохлиным, подтвердившим летописные данные об обстоятельствах убийства князя. В феврале 1935 года они возвратились в музей, и их экспонировали в центре зала музея на первом этаже в стеклянном саркофаге.
Вскоре останками заинтересовался М. М. Герасимов, и череп был отправлен в Москву, где академик восстановил облик князя своим методом — подлинник (1939 год) хранится в ГИМ; в 1963 году Герасимов сделал повторение для Владимирского краеведческого музея. Работа Герасимова демонстрирует в облике князе черты монголоидности (наследственность по женской линии — «от половцев»).
Череп вернулся во Владимир в 1943 году; в конце 1950-х мощи оказались в ГИМе, где оставались до 1960-х. В 1982 году они были осмотрены судебно-медицинским экспертом Владимирского областного бюро СМЭ М. А. Фурманом, который подтвердил наличие множественных повреждений скелета князя и преимущественную их левостороннюю локализацию.
23 декабря 1986 года Совет по делам религий принял решение о целесообразности передачи мощей в Успенский собор города Владимира. 3 марта 1987 года произошла передача мощей. Они были переложены в раку на то же место в Успенском соборе, как это было в 1174 году. В 2007-м было произведено новое медицинско-криминологическое исследование, которое инициировал Московский фонд им. Юрия Долгорукого, созданный по решению правительства Москвы и поддерживаемый РПЦ. Заключение этих новых исследователей исключает какие-либо черты «монголоидности» князя и указывает на «ошибку» Герасимова. Новая реконструкция была выполнена профессором В. Н. Звягиным.
