Историки, говоря о хронологии применительно к этой секте, ведут отсчет от XVI века — именно с этого времени письменные свидетельства подтверждают наличие данного религиозного движения в России.
Хлысты, по Владиславу Карнацевичу, автору книги «20 знаменитых сект», — одно из таких «духовных объединений» христиан, отторгавших общепризнанные каноны православной церкви, возникшее на рубеже XVI—XVII веков. Это движение возникло на волне неприятия никонианства («христоверы» не соглашались с реформами патриарха Никона). По Карнацевичу, основатель секты хлыстов Данила Филиппов спор между «старыми» и «новыми» книгами решил радикально — и те, и другие утопил в реке, провозгласив свои заповеди.
Данила сообщил, что именно он и есть пророк, поскольку на него сошел Дух Святой, 12 заповедей — самостоятельная трактовка его православных канонов. Хлысты в своих проповедях упоминали, что Никон преследовал Филиппова, сажал того в темницу. После Филиппова у хлыстов было много лидеров, все они преследовались властями и претерпевали от них различные гонения, выражавшиеся в заточении в острог.
По описаниям Карнацевича, хлысты отличались от других «отступленцев» от православия тем, что не были осведомлены о христианских канонах — Библию они не читали. Это обстоятельство играло на руку лидерам данной секты — «официальные представители Христа» могли трактовать свое видение хлыстовства как хотели.
Русский философ Василий Розанов определил суть хлыстовства так: прямое общение со Святым Духом, «без посредников». У хлыстов Христос постоянно перерождается, периодически представляясь в том или ином человеческом облике. Его воплощение — лидер хлыстовской общины (во время молитвенных сборищ данное обстоятельство каждый раз подчеркивалось). Хлысты самоограничивались во многом, что, по их вероучению, услаждало плоть — они не употребляли спиртного, не курили, не ругались матом, у них были вольные межполовые связи — институт брака хлысты не признавали.
Симпатии к хлыстам высказывали такие известные деятели литературы и искусства XIX—XX веков, как Зинаида Гиппиус, Николай Бердяев, Федор Сологуб и другие. Многие отечественные публицисты говорят о принадлежности к хлыстам одиозной персоны ХХ века — Григория Распутина, сыгравшего роковую роль в истории России.
Автор книги «Культы и мировые религии», Николай Порублев, пишет, что хлыстовское движение продолжало существовать и после Октябрьского переворота 1917 года, пережив даже репрессии 30-х годов ХХ века. В это время хлысты организовали секту «Искупленный Израиль» — по разным данным, в нее входило до тысячи человек.
«Коммерсант» несколько лет назад публиковал материал о приговоре группе участников этого религиозного объединения, вынесенном в конце 1950-х. Им вменили в вину создание антисоветской нелегальной секты. Итог — от 3 до 10 лет лишения свободы.
Впоследствии хлысты не стремились к публичности. Но есть сведения, что их малочисленные общины и сегодня существуют в ряде регионов России.
