Русские книжники редко давали пространные толкования знамениям. Сам характер знамения был подобен загадке, в содержании которой нужно было отгадать ответ.
Зимой 7092 (1583-1584) года, как сообщает Новый летописец, «явися знамение на небесех на Москве: меж Благовещенья и Ивана Великого явися крест на небесах, да звезда с хвостом». Когда ближние поведали о том Ивану Грозному, тот сказал, что «си есть знамение ко смерти моей». Царь умер 9 марта 1584 года. В этом случае крест на небесах служил уже не знаком победы, как во времена первого христианского императора Константина, а скорее грозным предупреждением.
В Псковской III летописи за 7100 (1591-1592) год появилась запись, отметившая слух, что «взыде в море кит рыба, и хоте потопити Соловецкои монастырь и остров», но «молитвами преподобных опять в море пошол». Явление фантастической рыбы-кита, покусившегося на северную святыню, очень напоминало библейского кита, поглотившего Иону.
Летом 7102 (1594) года, сообщает Пискаревский летописец, близ города Орешка было чудесное явление: «на Неве реке воста буря сильна зело и воду раздели надвое. И много время стояло. И в те поры некий человек прошол между воды по суху. И всем удивление о сем чюдеси». Область эта, хоть и была окраиной, играла большое значение как зона политических переговоров и военных столкновений.
Следом за сообщением о расступившихся водах под 7106 (1597-1598) годом Летописец поместил рассказ «О звездах». «Того же года падоша звезды с небеси, аки дождь сильный… перед смертию царя Феодора» (Федор Иоаннович умер в ночь с 6 на 7 января 1598 года).
Тот же Летописец писал: «Того же года на Москве явишася птица сова в большой церкве, в Пречистой на площади, и быша много адва вылете». Сова в русских поверьях была особой птицей, предвещающей несчастья, и связанной с чародейством.
Летописный сборник Новгородского Николаевского Дворищенского собора указывал, что вверх по Оке провалилась вместе с жителями слобода в 150 дворов, монастырь же был полностью разрушен и от него остался лишь алтарный столп. «Сие все было знаком имущих бысть смятений по смерти благочестиваго Феодора…, но однако вера православная, как оный оставший церковный столп, осталась непоколебима». Знают это происшествие и нижегородские летописи и помещают они его либо под 12 июля, либо под 18 июня 7105 (1597). Вероятно, разрушение монастыря «грозным посещением Господним» было вызвано оползанием холма в Волгу.
И иностранные и русские источники сходятся в сообщении о прохождении кометы в 1604-1605 году. Конрад Буссов говорит об этом следующее: «В том же 1604 году в следующее воскресенье после Троицы [10 июня], в ясный полдень, над самым московским Кремлем, совсем рядом с солнцем, появилась яркая и ослепительно сверкающая большая звезда, чему даже русские, обычно ни во что ставившие знамения, весьма изумились». Чтобы растолковать знамение, Годунов призвал к себе старца, специально выписанного из Лифляндии. Старец пояснил, что таким образом Господь предостерегает государя, так как эти звезды предвещают обычно раздоры. Скорее всего, это была именно комета, на которую в тот же период прямо указывает Павел Пясецкий и кн. И.А. Хворостинин. Толкование, данное лифляндским старцем, было традиционно для комет, а возжигание на небосклоне новой звезды означало, скорее, присутствие благодати.
