Если одним из условий договора является оплата с учетом НДС, продавец добровольно согласился на исполнение договора именно таким образом. Следовательно, ему нужно придерживаться этого способа и отразить его в счете-фактуре. Отказывая истцу в выставлении счета-фактуры с НДС, продавец нарушает условия договора и права своего контрагента.
