Добавить новость

Суд в Москве приговорил к 15 годам американца Спектора, обвиняемого в шпионаже

Сколько стоит съездить на Красную Поляну?

Отвечая вызовам времени

В Петербурге на видео попал мужчина без штанов, который бегал по дорогам

«Крестьянские ведомости»


Новости сегодня

Новости от TheMoneytizer

Инструмент для быстрого выявления одинаковых мутаций у разных бактерий разработали петербургские ученые

Санкт-Петербург. 14 октября. ИНТЕРФАКС СЕВЕРО-ЗАПАД — Алгоритм для анализа генома бактерий, который поможет оперативно выявлять тождественные изменения в их штаммах, разработали биоинформатики ИТМО (Национальный исследовательский университет информационных технологий, механики и оптики), сообщает в четверг пресс-служба вуза.

Программа, получившая название PaReBrick, позволяет менее чем за минуту идентифицировать параллельные перестройки в бактериальных популяциях. «Сперва инструмент изучает коллекцию штаммов, представленных последовательностью общих блоков в геномах различных живых организмов и их филогенетическое дерево, которое демонстрирует эволюционные взаимосвязи между ними. Затем он определяет перестройки в геноме и визуализирует информацию на филогенетическом дереве, отображающем нужный признак, например, наличие определенного гена», — поясняют в ИТМО.

Толчком для создания алгоритма стала работа исследователей РАН, описавших ранее не известный эволюционный механизм антигенной вариации, позволяющий патогену оставаться невидимым для иммунной системы человека. Сравнивая геномы штаммов стрептококка, ученые обнаружили, что одно и то же эволюционное событие (изменение порядка генов и их фрагментов в геноме) происходит в разных штаммах независимо, существенно меняя свойства этого патогена.

«Наш метод умеет анализировать филогенетическое дерево, построенное для бактериальных штаммов, изучать схожие участки в геномах, автоматически находить нужные нам признаки и раскрашивать штаммы на филогенетическом дереве в определенный цвет в зависимости от состояния признака (например, была инверсия или нет). Это визуальное отображение информации о геноме», — цитируют в ИТМО главного автора исследования, аспиранта факультета информационных технологий и программирования Алексея Забелкина.

Алгоритм был протестирован на штаммах стрептококка — возбудителя пневмонии и кишечных палочках.

Ранее подобные исследования проводили вручную, с помощью большого количества лабораторных экспериментов, что занимало много времени. «Систематический анализ с точки зрения биоинформатики, построения деревьев и изучения эволюции последовательностей большого количества штаммов мало кто делал. Обычно люди находят подобные явления «в пробирке». Допустим, биолог обнаружил какие-то закономерности в одном определенном штамме и потом их описал. Наш проект решает эту проблему, анализируя данные множества штаммов одного вида и сравнивая их», — пояснил Забелкин.

По информации вуза, предложенный метод универсален и может быть использован в медицине, генной инженерии, сельскохозяйственных и фундаментальных биологических исследованиях. В частности, алгоритм упростит изучение эволюционных механизмов бактерий, что позволит узнать в том числе потенциальные причины их устойчивости к антибиотикам.

Ученым Университета ИТМО помогали коллеги из Института наук и технологий (Австрия)

Читайте на 123ru.net


Новости 24/7 DirectAdvert - доход для вашего сайта



Частные объявления в Вашем городе, в Вашем регионе и в России



Smi24.net — ежеминутные новости с ежедневным архивом. Только у нас — все главные новости дня без политической цензуры. "123 Новости" — абсолютно все точки зрения, трезвая аналитика, цивилизованные споры и обсуждения без взаимных обвинений и оскорблений. Помните, что не у всех точка зрения совпадает с Вашей. Уважайте мнение других, даже если Вы отстаиваете свой взгляд и свою позицию. Smi24.net — облегчённая версия старейшего обозревателя новостей 123ru.net. Мы не навязываем Вам своё видение, мы даём Вам срез событий дня без цензуры и без купюр. Новости, какие они есть —онлайн с поминутным архивом по всем городам и регионам России, Украины, Белоруссии и Абхазии. Smi24.net — живые новости в живом эфире! Быстрый поиск от Smi24.net — это не только возможность первым узнать, но и преимущество сообщить срочные новости мгновенно на любом языке мира и быть услышанным тут же. В любую минуту Вы можете добавить свою новость - здесь.




Новости от наших партнёров в Вашем городе

Ria.city

«Елка Победы. Zа Правду» возглавила рейтинг детских елок столицы

На россиийскую премию «Золотая маска» выдвинуты три театра Якутии

Мантуров: первый опытный состав для ВСМ поставят в конце 2026 года

Сергей Собянин: 9 обновлённых зон отдыха в Юго-Восточном округе Москвы

Музыкальные новости

«Фонтанка»: в Пулково пассажиров высадили из самолетов, задержаны 14 рейсов

Ударными темпами: Путин открыл новые аэропорты и дороги

Генерал армии Виктор Золотов поздравил руководство, сотрудников и ветеранов ФСБ России с профессиональным праздником

Стильная Гребенкина, строгий Верник и яркая Сапета: звезды пришли на монолог «Майя Плисецкая. Пять дней с легендой»

Новости России

Андрей Воробьев: экономика Подмосковья показала стабильный рост в 2024 году

Мусорная реформа госпожи Абрамченко оставила много безответных вопросов

На россиийскую премию «Золотая маска» выдвинуты три театра Якутии

Передвижные выставки работ победителей конкурса «Арт-проект: Моя Москва» прошли в городе

Экология в России и мире

Полезные свойства и противопоказания к кедровым орехам, рецепты приготовления

Президент Алиев сообщил, что его главным союзником является Турция, а не Россия - Михаил Александров

Сотрудники отеля Yalta Intourist передали продуктовые наборы инвалидам по зрению

Чем можно и нельзя кормить ежей в домашних условиях

Спорт в России и мире

«Соколиная» охота: команда Рублева взяла титул на World Tennis League

Андрей Рублёв обыграл Ника Кирьоса и принёс своей команде победу в Мировой теннисной лиге

Андрей Рублёв и Мирра Андреева вышли в финал WTL. Но титул возьмёт кто-то один

По стопам Синнера и Алькараса: молодёжный Итоговый турнир ATP выиграл 18-летний бразилец

Moscow.media

«Байкал Сервис» отметил 30-летие работы на рынке грузоперевозок

Портативный ТСД корпоративного класса Saotron RT-T70

Более 100 000 км пути, 700 городов и 85 регионов: финишировала рекордная автоэкспедиция

В Италии завершился проект «Культурная миссия в Италии»











Топ новостей на этот час

Rss.plus






В Петербурге на видео попал мужчина без штанов, который бегал по дорогам

На россиийскую премию «Золотая маска» выдвинуты три театра Якутии

Сколько стоит съездить на Красную Поляну?

Отвечая вызовам времени