Агафонов Семён Михайлович с 1941 года на фронтах Великой Отечественной войны. Добровольцем был зачислен в отряд морской пехоты Северного флота. Воевал на Крайнем Севере в составе легендарного 181-го особого разведотряда В.Н. Леонова. С 1943 года — командир отделения в этом отряде. Совершил 50 походов и десантирований в тыл противника, многократно проявлял героизм в тяжелых ситуациях. Геройски действовал в ходе десанта в Мотовском заливе 18–19 сентября 1942 года: захватил два вражеских пулемёта, с одним из них остался прикрывать отход десантной группы от многократно превосходящих сил врага, после упорного боя и сам сумел прорваться к побережью и был эвакуирован катером.
Особо отличился в ходе Петсамо-Киркенесской наступательной операции. В ночь на 12 октября 1944 года в боях при освобождении населённого пункта и порта Лиинахамари командир отделения 181-го особого разведотряда Северного флота старшина 1-й статьи Агафонов С.М. вместе с отрядом участвовал в стремительной атаке батареи врага на мысе Крестовом.
Один из первых в подразделении он ворвался на батарею, захватил орудие и открыл из него огонь по противнику. В тяжёлых условиях отряд овладел вражеской позицией и удерживал её свыше суток от непрерывных контратак превосходящих сил врага, что способствовало прорыву катеров с десантом в залив Петсамовуоно (Печенгский залив) и захвату населённого пункта Лиинахамари.
В этом бою Агафонов лично уничтожил более десятка немецких солдат, часть из них — в рукопашных схватках.«Бывший кок подводник Семен Агафонов, коренастый, низкорослый, с виду увалень, дрался бесстрашно, с неистощимой энергией и упоением и в то же время с таким мастерским расчетом, что все считали его самым лучшим разведчиком отряда», — вспоминал В.Н. Леонов.
Десантник Макар Андреевич Бабиков вспоминал:
«С разбегу выскакиваем на край обрыва. Внизу, на ровной большой площадке в орудийных двориках, сложенных из камня и забетонированных, видим четыре орудия. Два из них уже повернуты в нашу сторону, возле них суетится прислуга, подтаскивает снаряды, к остальным по ходам сообщения бегут солдаты… Агафонов первый прыгнул в ход сообщения, на повороте бросил вперед гранату, на бегу выпустил несколько очередей из автомата, ворвался в орудийный дворик, где на бетонном фундаменте была установлена пушка. Из другой траншеи выскочили подоспевшие по тревоге трое или четверо артиллеристов. Семен сразил их автоматной очередью, подскочил к орудию. Следом на орудийный дворик вбежали еще несколько моряков…
Агафонов преследовал одного из егерей до самого берега. Тот отстреливался, перебегая от камня к камню, потом затаился за валуном — у него кончились патроны. Семен, ругаясь, словно завязывая замысловатые морские узлы, кричал фашисту, чтобы тот бросил оружие и сдавался. Егерь в ответ кинул гранату.
— Я тебе покажу кузькину мать, я тебя научу кланяться,— еще больше рассердился Агафонов и пустил пулю над головой врага. Тот не выдержал, вскочил и кинулся в воду. Семен бросился за ним. Егерь замахнулся гранатой. Агафонов выстрелил еще раз. Егерь был убит… ».
В ходе сражения Агафонов убил около 20 немцев, многих в рукопашном бою, голыми руками. От его ударов немцы разлетались по углам.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 5 ноября 1944 года за мужество и героизм, проявленные в боях с немецко-фашистскими захватчиками, старшине 1-й статьи Агафонову Семёну Михайловичу присвоено звание Героя Советского Союза с вручением ордена Ленина и медали «Золотая Звезда».
Источник: Герои страны; Бабиков М.А. Мыс Крестовый // Их не называли в сводках. М.: ДОСААФ 1987.