Первый Борисоглебский храм был заложен в новгородском детинце (кремле) в 1146 году, каменный – в 1167 году. Он несколько раз разрушался и восстанавливался, пока не был окончательно разобран в XVII в. Сейчас от него сохранился только придел – церковь Андрея Стратилата.
Борис и Глеб стали в Новгороде заступниками его независимости и покровителями ратников, так что их храм со временем стал вторым по важности после Софийского собора. Кроме того, Борисоглебская церковь была главной для соседних концов (районов) – Людина и Загородского, а также для аристократической Прусской улицы. По различным сведениям, храм был построен на месте деревянного Софийского собора, каменную Борисоглебскую церковь построил «прототип» Садко, внутри же якобы хранились «палицы Перуна», сохранившиеся с языческих времён.
Впервые остатки церкви почти полностью раскопали в 1940–1941 годах, но материалы этих работ сохранились не полностью, публикация о них очень краткая, не был известен даже план сооружения. Тогда же были впервые описаны деревянные детали фундаментов храма, но чертежи и фотографии также не сохранились.
В 2023 и 2024 г. отряд ИА РАН расчистил основания фундамента. Оказалось, что в фундаментную траншею укладывали дубовые лежни – брус шириной 30–35 сантиметров. Иногда их укладывали прямо на дно траншеи, иногда – на небольшую проливку раствора. Судя по аналогичным фундаментам других зданий, в месте пересечения лежни скрепляли железными кольями и скобами (борисоглебские брусы не разбирали, так что там крепления пока не открыли). Пустоты между брусами заполняли валунами, щели между ними проливали розово-бежевым известково-цемяночным раствором (с добавлением кирпичной крошки). На брусья укладывали 4–5 рядов валунов. И только поверх них начиналась кладка из камня и плинфы.
Такая технология восходит к византийской строительной традиции, указывают исследователи. Вероятно, зодчий церкви Борис и Глеба перенял технологию или у византийских мастеров старшего поколения, или у их учеников. Похожим образом устроены фундаменты нескольких новгородских «княжеских» соборов, есть аналогии и в Киеве, и в Переяславле. Однако Борисоглебская церковь, по-видимому, самая поздняя из них. После монгольского нашествия такие фундаменты уже не делали.
Образцы древесины из храма Борис и Глеба датировали радиоуглеродным и дендрохронологическими методами. Первый указал на интервал между 1161 и 1175 годами, второй подтвердил это определение. Оно довольно близко к летописным датам сооружения церкви.
Отряд, который исследует Борисоглебскую церковь, возглавляет Владимир Седов. В исследованиях участвовали специалисты Новгородского музея-заповедника, Новгородского Государственного университета имени Ярослава Мудрого, Российского государственного педагогического университета имени А.И. Герцена.
