Министерство внутренних дел предпочитает, чтобы Эстонская православная церковь Московского патриархата объединилась с Эстонской апостольской православной церковью. Однако, по словам епископа Тартуского, викария Таллиннской епархии Даниила, как руководство церкви, так и прихожане против такого перехода.
