Покровительство монастырю русских царей и церковных властей
В 1572 году Иоанн Васильевич, обличаемый совестью за низвержение и убиение святителя Филиппа, митрополита Московского, объявил врагов почившего иерарха наглыми клеветниками и одного из них, бывшего соловецкого игумена Паисия, удалил в Валаамский монастырь на покаяние.
В этот же период в Валаамский монастырь на покаяние был прислан Крутицкий архиепископ Варлаам, наказанный за участие в совещании Московского митрополита Дионисия с боярами о насильственном пострижении в иночество по причине бесплодия супруги великого князя Феодора Иоанновича Ирины Феодоровны. На Валааме владыка Варлаам умер и был предан погребению.
В 1588 году царь Иоанн Васильевич, чувствуя приближение кончины и сокрушаясь о невинных жертвах своего гнева, прислал на Валаам синодик для вечного поминовения лиц, пострадавших в годы его правления.8