Покровительство монастырю русских царей и церковных властей

Русские самодержцы предоставляли монастырю различные льготы. 12 марта 1507 года великий князь Василий Иоаннович даровал игумену Иоакиму с братией жалованную грамоту. Крестьяне, живущие на монастырских землях в Карелии, освобождались этой грамотой от разных пошлин и повинностей. В монастырских владениях и на острове Валаамском запрещалось бить зверей, рубить лес. При игумене Варлааме, в 1534 году, эту грамоту подтвердил царь и великий князь Иоанн IV Васильевич.

В 1572 году Иоанн Васильевич, обличаемый совестью за низвержение и убиение святителя Филиппа, митрополита Московского, объявил врагов почившего иерарха наглыми клеветниками и одного из них, бывшего соловецкого игумена Паисия, удалил в Валаамский монастырь на покаяние.

В этот же период в Валаамский монастырь на покаяние был прислан Крутицкий архиепископ Варлаам, наказанный за участие в совещании Московского митрополита Дионисия с боярами о насильственном пострижении в иночество по причине бесплодия супруги великого князя Феодора Иоанновича Ирины Феодоровны. На Валааме владыка Варлаам умер и был предан погребению.

В 1588 году царь Иоанн Васильевич, чувствуя приближение кончины и сокрушаясь о невинных жертвах своего гнева, прислал на Валаам синодик для вечного поминовения лиц, пострадавших в годы его правления.⁸