Андрей Малахов окончил 11-й класс с серебрянной медалью. Одновременно с обучением в средней школе, ходил в музыкальную и получил образование по классу скрипки. Затем он поступил в МГУ им. М. В. Ломоносова на факультет журналистики. В студенческие годы Малахов стажировался в Мичиганском университете США, также проходил практику в газете «Московские новости» и был автором программы «Стиль» на радио Maximum.
