Евгений Маковский арестован в декабре 2023 года по решению Замоскворецкого районного суда Москвы. Уголовное дело в отношении бывшего и. о. директора СПбНИИВС возбудили 20 декабря 2023 года по ч. 3 ст. 30 и ч. 6 ст. 290 УК РФ (покушение на получение взятки в особо крупном размере). Его предполагаемому подельнику тогда же предъявили обвинение по статье о посредничестве во взяточничестве (ч. 4 ст. 291.1 УК РФ).
По версии следствия, Маковский потребовал от гендиректора ООО «Русбиофарм» Сергея Иссерса 19,25 млн рублей. Компания является дистрибьютором медизделий и препаратов. Деньги, как утверждают в СК, предназначались за продолжение заключения договоров между СПбНИИВС и «Русбиофарм» на поставку вакцины Конвасэл. Иссерс после получения предложения обратился в правоохранительные органы. Дальнейшее общение Евгения Маковского и Сергея Иссерса проходило под контролем оперативников. За первой частью транша (8 млн рублей) 18 декабря в офис в Старопетровском проезде пришел предполагаемый посредник – Игорь Рудых. Тогда ему якобы передали 8 млн рублей и сразу же задержали. В ходе очной ставки Рудых свою вину не признал.
До задержания Маковский обещал нарастить производство препарата в три раза – до 3,5 млн доз в месяц. И. о. директора СПбНИИВС утверждал, что Конвасэл – первая в мире зарегистрированная вакцина, являющаяся универсальной для различных штаммов коронавируса, причем иммунитет после нее сохраняется не менее года.
В феврале 2024 года Московский городской суд рассмотрел апелляционную жалобу о заключении Евгения Маковского под стражу. Вышестоящая инстанция отменила арест и постановила направить дело в тот же райсуд для избрания новой меры пресечения, однако Замоскворецкий райсуд решил снова отправить Маковского в СИЗО.
В сентябре 2024 года Замоскворецкий суд Москвы наложил арест на две квартиры, принадлежащие бывшей жене Евгения Маковского. Обе квартиры расположены в жилом комплексе бизнес-класса в Москве в районе Фили. Одна из них – пентхаус площадью 168,7 кв. м на 41-м этаже, вторая квартира площадью 61 кв. м находится в этом же доме.
С 29 декабря 2023 года и. о. директора СПбНИИВС выступает Константин Покачалов.