Депутат, будучи за рулем Land Cruiser, погиб в ДТП на выезде из родного Острогожска 12 октября. Иномарка протаранила грузовик. Накануне Евгению Гапоненко исполнилось 39 лет. Его 24-летнюю спутницу, которая находилась рядом с депутатом в салоне иномарки во время трагедии, с тяжелыми травмами доставили в больницу. 12 дней она провела в реанимации.
Евгений Гапоненко был руководителем одного из крупнейших в регионе и ЦФО предприятий по выращиванию фруктов и ягод. На этой должности он сменил своего отца Николая Гапоненко – лауреата «Золотого фонда Воронежской области», который прежде тоже был депутатом областной Думы, а само предприятие возглавлял с советских времен.