The T cell receptor (TCR), despite its importance, is underutilized in single-cell analysis, with gene expression features solely driving current strategies. Here, we argue for a TCR-first approach, more suited toward T cell repertoires. To this end, we curated a large T cell atlas from 12 prominent human studies, containing in total 500,000 T cells spanning multiple diseases, including melanoma, head and neck cancer, blood cancer, and lung transplantation. Here, we identified severe limitations in cell-type annotation using unsupervised approaches and propose a more robust standard using a semi-supervised method or the TCR arrangement. We showcase the utility of a TCR-first approach through application of the STEGO.R tool for the identification of treatment-related dynamics and previously unknown public T cell clusters with potential antigen-specific properties. Thus, the paradigm shift to a TCR-first can highlight overlooked key T cell features that have the potential for improvements in immunotherapy and diagnostics.
Частные объявления в Вашем городе, в Вашем регионе и в России
Smi24.net — ежеминутные новости с ежедневным архивом. Только у нас — все главные новости дня без политической цензуры. "123 Новости" — абсолютно все точки зрения, трезвая аналитика, цивилизованные споры и обсуждения без взаимных обвинений и оскорблений. Помните, что не у всех точка зрения совпадает с Вашей. Уважайте мнение других, даже если Вы отстаиваете свой взгляд и свою позицию. Smi24.net — облегчённая версия старейшего обозревателя новостей 123ru.net. Мы не навязываем Вам своё видение, мы даём Вам срез событий дня без цензуры и без купюр. Новости, какие они есть —онлайн с поминутным архивом по всем городам и регионам России, Украины, Белоруссии и Абхазии. Smi24.net — живые новости в живом эфире! Быстрый поиск от Smi24.net — это не только возможность первым узнать, но и преимущество сообщить срочные новости мгновенно на любом языке мира и быть услышанным тут же. В любую минуту Вы можете добавить свою новость - здесь.
