Расстрелы в Бутове происходили следующим образом: ближе к полуночи приезжало несколько грузовиков, оборудованных для перевозки осужденных из разных московских тюрем. Нередко это были фургоны с надписью «Хлеб». Они по очереди въезжали на территорию полигона и останавливались возле длинного деревянного барака. Затем один конвой передавал партию осужденных другому конвою. Приговоренные к расстрелу по одному выпрыгивали из фургона и громко называли свои личные данные — фамилию, имя, отчество, год рождения и статью, а офицеры делали соответствующие отметки в своих списках. Главной целью было удостовериться, что никто не умер и не сбежал по дороге, что не привезли на расстрел, например, однофамильца — такое бывало нередко. Затем приговоренных заводили в деревянный одноэтажный барак для ожидания. Расстрельная команда тем временем находилась в небольшом каменном домике, коротая время за играми в шашки и домино. Здесь же были врач и специальный сотрудник Народного комиссариата внутренних дел (НКВД), в компетенцию которых входили учет количества расстрелянных и констатация их смерти. Расстрельщики отводили приговоренного к вырытой экскаватором метрах в ста от барака траншее и убивали выстрелом в затылок, затем возвращались за следующим. И так — пока не убьют всех. Когда заканчивали «работу», расстрельщики возвращались в каменный домик, где их ждали спирт для усмирения психики и «Тройной одеколон»: чтобы заглушить специфический запах крови, им обтирались чуть ли не до пояса. Помогало это мало: некоторые окрестные жители утверждали, что уличные собаки шарахались от расстрельщиков как ошпаренные. Только лаяли с большого удаления. После подсчета количества трупов и подписания специального акта, когда начинало светать, на полигон приезжал трактор и засыпал траншеи. Тракторист — житель соседнего поселения, заблаговременно давший подписку о неразглашении, выполнял миссию могильщика за пару литров спирта. Местные жители все же догадывались, что именно происходило на Бутовском полигоне, что это вовсе не испытание новых видов стрелкового оружия. Однако строгий запрет на приближение к периметру полигона выполнялся ими неукоснительно: жить хотелось всем. В Коммунарке, в отличие от Бутовского полигона, для расстрельной команды не было предусмотрено специального помещения. Однако на бывшей даче Генриха Ягоды сохранился флигель для прислуги, который приспособили для себя расстрельщики. Могилы здесь приходилось рыть вручную — экскаватор по березовой роще проехать не мог. До расстрела с Донского кладбища привозили профессиональных могильщиков.
