Главным обновлением для FJR1300 стала новая шестиступенчатая КПП. Японские инженеры облегчили ее общий вес на 400 гр, при этом не изменив габаритов. На флагман 2016 года также установили проскальзывающее сцепление, способное уменьшить усилие на рычаге сцепления за счёт использования здесь пружин меньшей жёсткости, а также предотвратить блокировку заднего колеса во время быстрого переключения передач. Элитная версия мотоцикла FJR1300AS дополнительно облагорожена системой YCC-S позволяющей переключать скорости вообще не используя рычаг сцепления.
Порадовала и обновленная оптика. Для версий FJR1300 AE и FJR1300 AS были установлены датчики наклона. При выполнении маневра эта опция включает в левой или правой фаре три дополнительных светодиода, чтобы лучше подсветить повороты на ночной трассе. Она также самостоятельно и выключается после выполнения своей миссии, чтобы не тратить лишнюю энергию и не ослепить водителей на встречной полосе. Кроме этого двойные фары FJR1300 стали светодиодными, а общую картину дополнили такие же указатели поворота и стоп-сигнал.
