Десятки зондажей устроены в полу, в стенах и на сводах. Благодаря кернам (исследовательским отверстиям), определяется состав и состояние кладки древних стен и фундаментов.
В настоящее время ведутся работы по инъектированию стен и фундаментов внутри придела.
Проектом предусмотрено устройство всех новых инженерных коммуникаций: отопления, освещения, вентиляции.
Церковь во имя преподобного Серафима Саровского устроена в нижнем ярусе собора. Задачи реставраторов: выполнить работу качественно, в соответствии со всеми нормами и стандартами, без вреда памятнику и в установленные сроки.
Проект и методики проведения реставрации корректирутся в связи с появлением новой информации в ходе проведения работ.