Он обвиняется органами предварительного следствия в десяти эпизодах превышения должностных полномочий, повлекших по неосторожности тяжкий вред здоровью, халатности и мошенничестве в крупном размере с использованием служебного положения.
Степан Любенко был директором государственного казенного специального учебно-воспитательного учреждения «Горнозаводская специальная общеобразовательная школа закрытого типа», что в Ставропольском крае. Правоохранители считают, что он изготовил 9 фиктивных приказов на выезд несовершеннолетних воспитанников учреждения с целью культурного отдыха, а фактически организовал их выезд в свое частное домовладение для выполнения ими хозяйственно-бытовых работ.
При избрании судом меры пресечения в виде заключения под стражу была также озвучена информация о том, что Любенко представил в министерство образования Ставропольского края заведомо ложные документы о якобы проведении им как педагогом дополнительного образования занятий в кружке «Звезда», на основании которых ему были перечислены денежные средства в качестве заработной платы в общей сумме 564 064, 55 рубля. Занятия фактически не проводились.
Бывшего директора ГК СУВУ «Горнозаводская специальная общеобразовательная школа закрытого типа» обвиняют также в том, что он не проконтролировал занятия по физической подготовке воспитанников учреждения на турнике, не обеспечил страховку воспитанников при выполнении ими упражнений на перекладине, безопасность турника и покрытия под ним. В результате несовершеннолетний воспитанник сорвался с перекладины, упал и получил телесные повреждения в виде закрытой черепно-мозговой травмы, ушиба головного мозга тяжелой степени, расцененных как тяжкий вред здоровью.