Родина Ивана Андреева – село Малиново Ливенского уезда, расположенное в живописном месте на юго-востоке Орловщины. Будущий ученый родился 21 июня (3 июля) 1867 года в семье приходского священника.
Бракосочетание родителей состоялось в том же селе в апреле 1855 года. В метрической книге Вознесенской церкви об этом событии сообщается следующее: жених – Орловской семинарии окончивший курс богословских наук воспитанник Димитрий Васильевич Андреев, первым браком, 26 лет; невеста – девица Анна, Ливенского уезда села Малинова умершего священника Стефана Стефановича Мишина дочь, первым браком, 16 лет. В том же году Дмитрий Васильевич Андреев стал священником Малиновской церкви.
По семейной традиции его сын Иван поступил учиться в Ливенское духовное училище. По его окончании в 1881 году, в основном с отличными оценками, он продолжил обучение в Орле, в духовной семинарии. Следующей ступенью образования способного юноши стала Московская духовная академия, из которой он выпустился в 1892 году со степенью кандидата богословия и был принят преподавателем в Таврическую духовную семинарию.
Получив небольшой опыт, в 1895 году Иван Дмитриевич вернулся в Московскую духовную академию в качестве помощника инспектора студентов, через год стал доцентом, а в 1899-м экстраординарным профессором по кафедре новой гражданской истории. Надо отметить, его магистерская диссертация «Константинопольские патриархи от времени Халкидонского собора до Фотия» была отмечена Макариевской премией.
В 1907 году Андреев получил место заведующего кафедрой истории церкви в Санкт-Петербургском университете, в 1910-м – проректора, с 1914-го исполнял обязанности ординарного профессора. В 1917 году он был делегирован университетом в состав Поместного собора Православной российской церкви, но по состоянию здоровья сложил полномочия.
На протяжении многих лет служебную деятельность Андреев совмещал с работой в издательстве Брокгауза и Ефрона, куда направлял свои статьи по церковной тематике для энциклопедического словаря. С 1911 года он активно сотрудничает в Новом энциклопедическом словаре, являясь редактором отдела «Богословие и церковная история». Несколько его объемных оригинальных статей были отмечены издательством: «Аскетизм», «Баптисты», «Богословие» и др. Работы Андреева печатались в Православной богословской энциклопедии, журнале «Церковь и жизнь».
После Октябрьской революции Андреев назначен профессором кафедры истории Петроградского университета, а также кафедры общественных наук (1919–1920). После вынужденного увольнения из университета по сокращению в октябре 1924-го Иван Дмитриевич недолгое время работал архивистом в Главархиве, а в 1925 году стал профессором Ленинградских высших богословских курсов и преподавал там до самой своей смерти в 1927 году.
