Длительное время после крещения Руси Русскую церковь возглавляли митрополиты, поставленные не только в Константинополе, но греки либо представители балканских славянских народов (болгары, сербы).
Иларион, которого упоминает «Повесть временных лет» как основателя Киево-Печерской обители под именем «пресвитера Лариона», был поставлен на русскую митрополию киевским князем Ярославом Мудрым не позднее 1051 года. Согласно тому же источнику, для поставления Илариона был созван собор всех епископов Русской церкви. Он был первым русским митрополитом несомненно русского происхождения. После 1054 года, то есть смерти Ярослава Мудрого, Иларион на митрополии не упоминается.
Как избрание Илариона, так и сведение его с кафедры, были, по-видимому, тесно связаны с отношениями с Византией в то время. Князь Ярослав подчеркнул независимость Руси самостоятельным избранием митрополита. Но по смерти Ярослава его сын и преемник Изяслав нормализовал отношения с Константинополем, вернувшись к прежнему порядку поставления первоиерарха.
Историки также связывают казус Илариона с тем, что первоначально Русская церковь, возможно, подчинялась Константинополю не напрямую, а через Охридскую (Болгарскую) архиепископию. В середине XI века византийские императоры и патриархи проводили политику эллинизации Болгарской церкви, которая стала утрачивать свой славянский характер. Это также могло способствовать отчуждению Русской церкви от Константинопольской и Охридской. Наконец, в 1054 году произошёл окончательный раскол христианства на католичество и православие. Иларион мог не соответствовать новым установкам Константинопольской церкви, в связи с чем его свели с кафедры.
Митрополит Иларион прославился одним из первых произведений русской словесности – «Словом о законе и благодати». В нём изложена концепция русской истории, проникнутая идеей божественного промысла о Руси. Замечательно, что Иларион не проклинает языческих предков Ярослава Мудрого, а напротив, подчёркивает их деяния (особенно князя Святослава) как великих государей, создавших единое Русское государство и тем самым подготовивших Русь к принятию света истины Христовой.
В 1130 году митрополитом Киевским и всея Руси был поставлен грек Михаил II. Он был вовлечён в междоусобную борьбу князей, вызвал всеобщее недовольство и был вынужден в конце 1145 года сложить с себя сан и удалиться в Константинополь. Ещё одной причиной отречения митрополита стала церковная смута в самой Византии.
Получивший киевский трон в 1146 году великий князь Изяслав II Мстиславич воспользовался этой ситуацией для обретения русской митрополией большей независимости от патриархии. По примеру Ярослава Мудрого, он в 1147 году созвал собор епископов, который избрал митрополитом Климента Смолятича, инока Зарубского монастыря, одного из образованнейших людей своего времени (по отзыву летописца, «книжника и философа, каких в русской земле ещё не бывало»).
Однако против избрания Климента резко выступила оппозиция во главе с князем Юрием Владимировичем (Долгоруким), претендентом на киевский престол, и епископами новгородским и смоленским – Нифонтом и Мануилом. Они отстаивали необходимость соблюдения канонических правил и поставления митрополита в Константинополе. Климент держался в Киеве только властью великого князя Изяслава, но после его смерти в 1154 году был вынужден сложить с себя сан. Юрий Долгорукий, заняв киевский престол, принял назначенного на русскую митрополию грека Константина.
Митрополит Пётр – первый глава Русской церкви, избравший своей резиденцией Москву, родился на Волыни. В 1305 году, будучи игуменом основанного им монастыря на реке Рате, он был поставлен константинопольским патриархом в митрополиты Киевские и всея Руси. Предшественник Петра митрополит Максим уже жил во Владимире-Залесском. Пётр оказывал покровительство политике московского великого князя Ивана Калиты, за что последний способствовал его канонизации уже в 1339 году (умер он в 1326-м).
После возглавления Русской церкви греком Феогностом (1328-1353), митрополитом был поставлен Алексий (в миру Фёдор Бяконт), боярский сын. С его деятельностью связано дальнейшее возвышение Москвы. Пётр и Алексий считаются небесными покровителями столицы России.
Последние годы жизни Алексия и первые годы после его смерти были омрачены церковной смутой. В 1376 году патриарх Филофей поставил митрополитом Киевским и всея Руси сербина Киприана. Но великий князь Дмитрий Иванович (будущий Донской) заявил, что не примет нового митрополита, пока жив Алексий. Через два года тот умер. Однако великий князь захотел собственного ставленника на митрополии, опасаясь, что Киприан не станет таким же усердным проводником промосковской политики, как Алексий.
Дмитрий выдвинул Митяя, которого незадолго до того назначил архимандритом Спасского монастыря, минуя все степени монашества. Митяй был послан в Константинополь для поставления, но умер в дороге, и послы великого князя самовольно решили представить на утверждение патриарха кандидатуру архимандрита Пимена, родом грека.
В 1383-1385 гг. митрополичью кафедру занимал Дионисий, родом из-под Киева, а в 1433-1435 гг. – Герасим, москвитянин. Оба получили поставление в Константинополе.
Окончательное утверждение русских иерархов на митрополичьем престоле связано с отвержением Русской церковью Флорентийской унии с Римом. В 1437 году на Москву прибыл новый митрополит грек Исидор. Это было время, когда гибнущий под ударами турок-османов Константинополь искал внешней помощи и ради неё был готов даже признать догматы и верховную власть Ватикана. Для соединения церквей папа Римский Евгений IV созвал Вселенский собор в Ферраре, позже переехавший во Флоренцию (1438-1439).
На этом соборе все иерархи православной Константинопольской церкви приняли догматы католичества. Вернувшись в 1441 году в Москву, Исидор шокировал всех тем, что прежде всего помянул на служении папу Римского, а также зачитал послание о церковной унии с Римом. Великий князь Василий II тут же выступил против неслыханных нововведений и приказал взять митрополита, изменившего православию, под стражу, а впоследствии выслать. Исидор до 1458 года именовал себя «митрополитом Киевским и всея Руси».
В 1448 году собором епископов Северо-Восточной Руси рязанский иерей Иона был избран «митрополитом всея Руси» с местопребыванием в Москве. С этого времени Русская церковь стабильно и надолго разделяется на две митрополии: восточно- и западнорусскую (до того это были лишь эпизоды). Митрополит Московский перестаёт поставляться в Константинополе, даже после того, как последний (после османского завоевания) отвергает унию и снова становится православным. Русскую церковь с того времени возглавляют русские.
