История основания женского монастыря Покрова Пресвятой Богородицы тесно переплетается с созданием Магаданской и Чукотской епархии. Магаданская епархия начинает свою новую историю с 1989 г., когда в небольшом домике в микрорайоне Солнечный образовался первый приход Русской православной церкви в Магадане в новейшее время, посвящённый Покрову Пресвятой Богородицы. Первая Божественная литургия здесь совершилась 21 сентября 1989 г. Затем началось строительство первого в городе храма. Это место стало первым центром учреждённой в 1991 г. Магаданской епархии. Сейчас здание первого прихода находится на территории Свято-Покровского женского монастыря. В 1991 г. епископ Магаданский Аркадий (Афонин) благословил на базе начатого строительства возводить корпус будущего женского монастыря, который бы включал в себя храм и жилые сестринские кельи. Монастырский комплекс был построен, начались богослужения, в которых первые послушницы принимали деятельное участие. В 1993 г. на смену владыке Аркадию на кафедру был назначен епископ Ростислав, который при Покровском храме решил устроить мужской монастырь, а послушниц перевёл на клиросное послушание в кафедральном Духосошественском соборе. Однако план по созданию мужского монастыря не был осуществлён. Храм Покрова Пресвятой Богородицы на некоторое время стал приходским. С прибытием на кафедру епископа Анатолия (Аксёнова) возобновились планы устроить при Покровском храме женский монастырь. Здесь образовалась женская община из пяти человек, желающих принять монашество, во главе с монахиней Софией (Постельняк). 6 октября 1999 г. Священный Синод Русской Православной Церкви благословил преобразовать Покровский приход в женский монастырь. Включает храм и сестринские кельи. С 2014 г. обязанности настоятельницы исполняет монахиня Надежда (Инькова). В монастыре находится местночтимая икона Пресвятой Богородицы – «Магаданская».
