С 2014 по 2019 год Фернандеш выступал за московский «Локомотив». Агент Паулу Барбоза отметил, что Мануэл Фернандеш хотел бы вернуться в «Локомотив». Ранее футболист закончил карьеру. Также Фернандеш выступал за «Краснодар». «Ману играл во многих странах, но действительно счастливым был в России. В этой стране он смог достичь наибольшего успеха. Думаю, что он бы не был против снова вернуться сюда», — сказал агент. С 2014 по 2019 год Фернандеш выступал за московский «Локомотив». С 2019‑го по 2020‑й футболист защищал цвета «Краснодара».
