Ведущим фактором патогенеза ГЭРБ является гастроэзофагеальный рефлюкс. Описан ряд механизмов его формирования (снижение давления и транзиторные расслабления нижнего пищеводного сфинктера, повышение внутрибрюшного давления, грыжа пищеводного отверстия диафрагмы).