В Россию буддизм пришел в XVII—XVIII веках, когда началось завоевание Бурятии, а в Забайкалье и низовьях Волги осели многочисленные группы баргу-бурят и калмыков (ойратов). Исконными буддийскими регионами на территории современной Российской Федерации считаются Бурятия, Калмыкия, Забайкальский край, Алтай, Тыва, Иркутская область.
Буряты, которым учение принесли соседние монгольские народности, наиболее близки к канонической школе Гелуг (Гелугпа). Они верят в то, что наиболее достойные духовные учителя (тулку) переходят, заново рождаясь, из одной земной жизни в другую. Алтайская же разновидность буддизма, сформировавшаяся под влиянием шаманизма и православия, по сути представляет собой даже не двоеверие, а троеверие. С шаманскими верованиями сплетался буддизм и в религиозных представлениях калмыков и тувинцев.
В 1741 году в Санкт-Петербурге обратили внимание на буддистов Российской империи. Был издан указ, регламентировавший численность дацанов и лам в Бурятии: 11 храмов и 150 штатных священнослужителей при них.
Особую благодарность буддисты и поныне испытывают к Екатерине II. В 1764 году она учредила пост главы буддистов Восточной Сибири и Забайкалья — Пандит-хамбо-ламы, чем фактически признала буддизм одной из официальных религий империи. Спустя два года ламы объявили Екатерину земным воплощением одной из главных бодхисатв — Белой Тары.
Популярность буддизма в Петербурге, Москве и других крупных городах была чем-то гораздо большим, чем просто мода. Во второй половине XIX столетия древнее восточное учение словно заворожило творческих людей и служителей науки.
Снаряжались экспедиции в буддийские регионы империи и страны Азии. Зарождалась, в первую очередь благодаря профессору Ф. И. Щербатскому, блестящая отечественная школа русской буддологии. Санскрит и тибетологию начали изучать не только в Московском и Петербургском, но и в Казанском и Харьковском университетах.
Просвещенные слои европейской части России и даже западных европейцев активно знакомил с буддизмом лама Агван Лобсан Доржиев. Под воздействием священнослужения, проведенного им в столице Франции, Иннокентий Анненский написал стихотворение «Буддийская месса в Париже».
По инициативе Доржиева в 1915 году открылся буддийский храм в Санкт-Петербурге. Дацан Гунзэчойнэй, что по-тибетски означает «Источник святого учения Будды, сострадающего всем», стал первым в европейской части России буддийским храмом. До недавних пор, пока в 2014 году не открылся дацан в Якутске, он к тому же был самым северным буддийским храмом в мире.
Дацан возведен по проекту одного из главных зодчих петербургского модерна, Г. В. Барановского, который в этой своей работе следовал канонам тибетской храмовой архитектуры. Храмовые витражи выполнены по рисункам Н. К. Рериха.
Еще в начале XX века в среде бурятских буддистов возник раскол. Он был вызван попыткой нескольких лам и просветителей, в том числе и Агвана Доржиева, реформировать, «обновить» буддийскую общину, вернуться к «древним идеалам чистоты нравов и бескорыстия».
Октябрьская революция обострила конфликт. Теперь обновленцы во главе с Доржиевым доказывали, что коммунизм и буддизм идейно близки, ведь оба учения провозглашают равенство людей и призывают к альтруизму и бескорыстию. Впрочем, у них была и вполне практическая, даже жизненно важная задача — сторонники Доржиева стремились реорганизовать структуру духовенства так, чтобы и сам буддизм, и те, кто его исповедуют, сумели уцелеть при новой власти.
Первый Всесоюзный собор буддистов СССР, прошедший в январе 1927 года, ознаменовал почти полный триумф обновленцев. Однако традиционалистам удалось провалить предложение оппонентов учредить Всесоюзное духовное управления буддистов СССР. Вместо этого было создано временное представительство буддийского духовенства с резиденцией в ленинградском дацане.
Спустя полтора года после собора, в августе 1928-го, в Верхнеудинске, как в советские годы назывался Улан-Удэ, был созван Третий съезд буддистов Бурятии. Его постановление содержало поистине верноподданнические слова: «…поддержка Советской власти и выполнение принятых ею мероприятий являются священной обязанностью всех буддистов и монашествующих».
Но ни реформы, ни заверения в преданности не уберегли буддистов от обрушившихся на них в скором времени бед.
Массовые репрессии на буддистов начались около 1929 года. Дацаны и ступы подверглись захватам и разрушениям. К 1936 году из почти двух сотен храмов действовали едва ли несколько десятков. В Тыве и Калмыкии сожгли все дацаны. Огонь не смог уничтожить только каменный Хошеутовский хурул князей Тюменей в Калмыкии и отдельные фрагменты кладки стен Чаданского хурэ в Тыве.
Но в дацанах все равно некому было бы служить, потому что лам арестовывали, ссылали, расстреливали, объявляя врагами народа и шпионами. Всего репрессиям подверглись примерно 25 тысяч представителей буддийского духовенства. 85-летний Агван Доржиев не избежал общей участи. В январе 1938-го, через несколько месяцев после ареста, он умер в тюремной больнице Верхнеудинска.
После Великой Отечественной войны гонения, во всяком случае в массовом масштабе, прекратились. В 1946 году было создано Центральное Духовное управление буддистов СССР. Близ столицы Бурятии Улан-Удэ построили и освятили Иволгинский дацан, а в селе Амитхаша вновь открылся крупнейший буддийский храм Забайкалья — Агинский дацан. Долгие годы два эти храма были единственными официальными центрами буддизма на всей территории СССР.
Однако выжившие ламы, освобожденные из сталинских лагерей, начали тайно исповедовать учение, проводить церемонии, лечить людей методами тибетской медицины. Вокруг этих лам складывались если не общины, то довольно многочисленные по советским меркам кружки.
В 70-х годах интерес к буддизму распространился среди мыслящей молодежи Ленинграда, Москвы, городов Прибалтики. Молодые люди жадно впитывали любую информацию о тибетских буддийских школах, об индийской Махаяне и ее китайской разновидности Дзэн. Они съезжались со всего СССР в Ленинград, чтобы послушать полуподпольные лекции Бидии Дандарона.
Дандарон родился в Бурятии и получил высшее образование в Ленинграде. Историк и философ, пытавшийся синтезировать идеи буддизма с концепциями европейских умов, составитель тибетско-русских грамматического словаря и словаря философских терминов в общей сложности провел в тюрьмах и лагерях около 16 лет. Именно Дандарон когда-то не побоялся написать Сталину письмо, которое и навело «вождя народов» на мысль разрешить легальное существование буддизма, пусть ограниченное и подконтрольное.
Сам же Бидия в 1972 году, уже при Брежневе, был в очередной раз арестован за «организацию буддийской секты». Нескольких человек, среди которых были видные ученые, уволили с работы, несколько учеников Дандарона попали в психиатрические больницы, но осужден в итоге был только он. Бидия Дандарон скончался в 1974 году в лагере. По свидетельству его сокамерников, он по собственной воле остановил дыхание, войдя в состояние самадхи.
В течение послевоенных десятилетий буддизм нелегально практиковался в Бурятии, Калмыкии и Тыве. «Легальный» же буддизм власти широко использовали для демонстрации широты своих взглядов иностранцам. Иволгинский и Агинский дацаны посещали гости из-за рубежа. Была образована «Азиатская буддийская конференция за мир», куда входили дружественные СССР страны. Духовный вуз в монгольской столице Улан-Баторе готовил кадры для двух официально разрешенных буддийских храмов. Помимо прочих дисциплин, будущие ламы изучали основы марксизма.
Буддизм, как и другие религии, начал возрождаться в так называемую эпоху перестройки, в середине 80-х, еще при формальном существовании советской власти. В 1988 году буддийские общины были зарегистрированы в Тыве и Калмыкии.
Следом заявили о своих правах ленинградские буддисты. Вскоре им вернули дацан, который во время Великой Отечественной войны и вплоть до конца 60-х использовался как военная радиостанция, а затем — как Зоологический музей. Для освящения его из Индии приехал лама Кушок Бакула Ринпоче, почитаемый всеми буддистами тибетской школы. Появились буддийские общины в Москве и Самаре.
В 1991 году буддийские регионы посетил Далай-лама XIV. В калмыцкой столице Элисте он провел молебен на ипподроме. Дорогу учителю устлали пятьюстами коврами, поверх которых разбрасывали гладиолусы, хризантемы и астры.
При Иволгинском дацане в Бурятии был создан Буддийский институт, позднее ставший университетом. В 1993 году открылась Агинская буддийская академия. Оба учебных заведения готовят не только теологов, но и специалистов по буддийской медицине и традиционной живописи.
В «буддийских республиках» — Бурятии, Калмыкии, Тыве — вероисповедание по-прежнему представляет собой неотъемлемую часть национального самосознания. Республика Калмыкия даже объявила буддизм наряду с православием государственной религией, хотя это и не соответствует Конституции РФ, по которой церковь отделена от государства.