В 1941-1942 годах в Геленджике построили два сухопутных и три гидроаэродрома. В конце 1944 года авиация Военно-воздушных сил Черноморского флота стала покидать аэродромы Геленджика. После 1945 года для нужд морской авиации Черноморского флота на мысу Тонком был построен новый сухопутный аэродром. В советское время аэропорт обслуживал внутрисоюзные маршруты и местные воздушные линии. Прямые рейсы из Москвы выполнялись на Ан-24 и ЯК-40 из аэропорта Быково. В 1990-е годы пассажиропоток уменьшился, а уже к 2000 году аэропорт Геленджика обслуживал один рейс в день. Для развития общей инфраструктуры Краснодарского края и его курортного кластера в 2004 году на заседании Президиума Госсовета было принято решение о реконструкции аэропорта. В 2010 году реконструированный аэропорт принял первый регулярный рейс (авиакомпания «Аэрофлот», рейс Москва - Геленджик,). На данный момент аэровокзал принимает только внутренние рейсы, его пропускная способность составляет 140 пассажиров в час. Согласно проектной документации, одобренной Главгосэкспертизой России, на территории площадки, примыкающей к границе аэропорта, построят несколько зданий и сооружений: пункт слива авиационного керосина из автоцистерн и налива в аэродромные топливозаправщики, административно-бытовой корпус, очистные сооружения, пункт контроля качества для проведения аэродромного контроля топлива, контейнер для хранения фильтроэлементов, а также емкости для пенообразователя и резервуаров противопожарного запаса воды. Также проектом предусмотрено строительство административно-бытового корпуса, скомпонованного из блоков-модулей полной заводской готовности. В одноэтажном здании обустроят гардероб, санузел, душевую, кабинеты и помещение дежурной смены. Проектную документацию подготовили в ООО «Билд Ст».
