Davaya 19 Haziran 2010 tarihinde 10'ncu ağır ceza mahkemesinde başlandı. Mahkeme; 21 Eylül 2012'de E. Orgeneraller Çetin Doğan, Özden Örnek ve İbrahim Fırtına'nın da aralarında olduğu 365 sanıktan 325'ini, 'Türkiye Cumhuriyeti icra vekilleri heyetini (T.B.M.M' ni) cebren ıskat veya vazife görmekten cebren men etmek' suçundan ağırlaştırılmış müebbet hapse mahkûm etmiş, ancak "eksik teşebbüs" nedeniyle çeşitli cezai indirimlere gitmiştir.
Bu noktada ifade etmem gereken önemli bir husus şudur:
Benim de TSK' da görevli olduğum dönemde; birliklerimizde görevli subay ve astsubaylar, o birliğin büyüklüğüne göre, taktik bilgi ve tecrübelerini geliştirmek amacıyla;
Kum sandığı çalışması, plan tatbikatı ve harp oyunu adı altında kum sandığında, ya da harita başında tatbikatlar yapar; olası düşman durumuna göre hazırlanan taktik planlarla, birliklerimizin savaş kudret ve kabiliyetini, bu tatbikatlarda yaratılan senaryolara göre uygularlardı. Bu tatbikatlar; icra edildiği dönemde özellikle terfi edecek subaylarımızın, kendilerini sıralı sicil amirlerine gösterebilmeleri için iyi bir fırsat, önemli bir şanstı. Son dönemde 'plan semineri' nitelemesiyle yapılan bu tatbikatlar; genelde, içeriden (kaldırılmadan önce iç tehditlere göre hazırlanmış olan 'Emaysa Planına' uygun olarak) ve dışarıdan gelebilecek olası tehditler, dikkate alınarak icra ediliyordu. Sonrasında ise; bu plan semineri tatbikatlarından elde edilen sonuçlara göre, tatbikatlarda görev alan birliklerimizin komuta heyeti; planlarını gözden geçirerek, güncelliyorlardı. Aslında benim bilgi ve tecrübelerime göre icra edilen tatbikat içerikleri genelde bu hususları kapsardı.
Taraf gazetesinde verilen haberde; 5-7 Mart 2003 tarihleri arasında 1'nci Ordu Karargâhında gerçekleştirilen plan seminerinde; 'Balyoz Darbe' planı olduğu iddia edilen bir planın, seminerde darbe provası olarak icra edildiği iddia ediliyordu!
Bu plan seminerinin yapıldığı dönemde 1'nci Ordu Komutanı olarak görev yapan E. Orgeneral Çetin Doğan bu seminerde; bu planı hazırlamak ve darbe provası yapmakla suçlandı.
İddiaların hedefinde olan E. Orgeneral Çetin Doğan ise; bu haberler üzerine yapmış olduğu açıklamada: "Cumhuriyet'i koruma ve kollama görevinin gereği olarak, EMASYA (Emniyet ve Asayiş) planları seminerlerde elbette ele alınmıştır diyerek, Türk Silahlı Kuvvetleri İç Hizmet Kanununun 35'nci maddesine vurgu yapmıştır. Ancak bu seminerde darbe senaryosu uygulandığı suçlamalarını ise; kesin bir dille de ret etmiştir.
Türk Silahlı Kuvvetleri de, Taraf gazetesinde yayınlanan bu haberin ertesi günü yaptığı basın açıklamasında; 5-7 Mart 2003 tarihinde gerçekleştirilen 'plan seminerinde', giderek tırmanan bir gerginlik dönemini kapsayan bir senaryonun konu edildiğini doğruladı, ancak bu seminer ile ilgili darbe iddialarını reddetti.
30 Ocak 2010 tarihinde Taraf gazetesi muhabiri Mehmet Baransu elindeki belgeleri bir bavul içinde Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesine teslim etti. Dosya için Mehmet Berk, Bilal Bayraktar ve Ali Haydar isimli savcılar görevlendirildi. Özel yetkili İstanbul Cumhuriyet savcıları, yaklaşık bir aylık incelemeden sonra 22 Şubat 2010 günü aralarında emekli generaller ve muvazzaf subayların da bulunduğu 49 askeri gözaltına aldı.
Bu tutuklamaların ardından ülkemiz; son yılların en önemli davalarından bir tanesine tanıklık edecekti. Çünkü tutuklamaların devam ettiği bu süreç, kamuoyu tarafından büyük bir ilgi ve dikkatle takip edildi. Tutuklamalar sürecinde vatandaşlarımızın büyük bir bölümünün ama özellikle yıllar önce emir ve komutasında askerlik hizmetini yapmış oldukları komutanlarının tutuklanmalarını duymaları, görmeleri büyük bir üzüntüye yol açmıştı.
Bu nasıl bir süreçti? Gün geçmiyordu ki, bu tutuklamalar döneminde yeni bir gelişme yaşanmasın, gazetelere akla hayale gelmeyecek sadece iddialara dayalı asparagas haberler yansımasın! Özellikle iktidar yanlısı yazılı ve görsel basının bu dönemde atmış oldukları manşet başlıklar, TV'lerde yapılan programlar, adeta yepyeni köşe yazarları, haber yorumcuları yaratıyordu.
