Friidrottsförbundet lät henne tävla under pågående dopingutredning.
Nu blir Meraf Bahta av med EM-bronset från 2018.
– Med facit i hand önskar vi att vi hade hanterat det här fallet på ett annat sätt, säger generalsekreteraren Stefan Olsson.
Löparstjärnan förlorar även fyra SM-guld och ett svenskt rekord.