Daniari sa pri kontrolách zameriavajú primárne na daň z pridanej hodnoty aj napriek tomu, že pri dani z príjmov registrujú najviac nálezov. Kontrola transferového oceňovania sa týka aj domácich prípadov.
Aj keď sa daňovej správe podarilo za uplynulé roky zúžiť takzvanú daňovú medzeru pri dani z pridanej hodnoty, kontrolám dane z pridanej hodnoty sa venuje čoraz väčšia pozornosť. Podiel kontrol dane z pridanej hodnoty na celkovom počte daňových kontrol pokračoval aj v roku 2023 v raste. Kým v roku 2021 sa na daň z pridanej hodnoty zameriavalo 61 percent všetkých daňových kontrol, v minulom roku to bolo takmer 69 percent.